Здание Двенадцати коллегий, в котором располагается церковь во имя святых апостолов Петра и Павла, было построено в 1730-х годах по проекту архитектора Доменико Трезини. По плану, утвержденному в 1737 г., главной частью Петербурга сделалась Адмиралтейская сторона, на которой и стали устраиваться высшие правительственные заведения. Поэтому часть здания Двенадцати коллегий долгое время была не занята. В 1804 г. туда был перемещен Педагогический институт.

В 1819 г., согласно проекту министра просвещения С. С. Уварова, Главный Педагогический институт "принял вид и действие университета".

8 февраля в здании Двенадцати коллегий была освящена специально для студентов Преображенская церковь. Этот день и стал считаться датой открытия Университета.

Первым законоучителем Университета стал протоиерей Герасим Петрович Павский. С 1819 по 1827 гг. он возглавлял в Университете кафедру богословия и разработал для нее курс "истории постепенного раскрытия религиозных понятий в человеческом роде", после чего в течение 10 лет вместе с В. А. Жуковским занимался воспитанием царских детей. Он был первым русским гебраистом и переводчиком Библии с древнееврейского языка на русский. Историк М. П. Погодин характеризовал протоиерея Герасима Павского как "ученейшего человека своего времени".

В 1835 г. богословие было введено как общий предмет для всех факультетов. Ряд профессоров богословия, будучи яркими личностями, оставили глубокий след в истории университета. С. Ю. Витте вспоминал, что в конце 90-х годов необычайной популярностью у студентов пользовался профессор богословия Петров.

Когда он читал свою лекцию, то студенты, бросив все другие лекции, сбегались его слушать. И не только они, но и профессора. "Это положительно одна из лучших лекций, которую я когда-нибудь в жизни слушал", - вспоминал граф С.Ю.Витте. В личном докладе государю, выразив удовлетворение лекцией, он заявил, что если бы во всех высших учебных заведениях были такие профессора, то юношество увлекалось бы богословием.

Приход университетской церкви составляли студенты, жившие в казенных помещениях здания "Двенадцати коллегий". Прихожанами церкви являлись также преподаватели и все должностные лица, состоявшие при Университете.

В церковь приходили и "многие обыватели, жившие вблизи университета". Значительную и значимую часть прихода составляли многие известные ученые: ректор университета А. Н. Бекетов, филолог-славист И. И. Срезневский, географ П. П. Семенов-Тян-Шанский, академик А. А. Шахматов, математик В. И. Билибин, Н. О. Лосский, Л. П. Карсавин, Г. П. Федотов, зоолог В. М. Шимкевич (ставший после революции ректором Университета и стремившийся уберечь университетскую церковь от закрытия), профессор С. С. Безобразов (позже - епископ Кассиан, один из основателей парижского Богословского института), и др. Прихожанином храма, как уже упоминалось, был глубоко верующий профессор химии Д. И. Менделеев; бывал здесь и академик - физиолог И.П. Павлов, открыто исповедовавший Православие даже в период жестоких большевистских гонений. Среди прихожан была и семья Блоков, которая жила в, так называемом, Ректорском флигеле (дедушка поэта, А. Н. Бекетов, был ректором Университета). Будущий знаменитый поэт "Серебряного века" был крещен в Университетской церкви с именем Александр. А позже, здесь же, обручился он с Любовью Дмитриевной, дочерью Д. И. Менделеева.

Внутреннее убранство университетского храма было создано по проекту архитектора Святейшего Синода Аполлона Феодосиевича Щедрина (он же, кстати, был и архитектором проекта здания Санкт-Петербургской Духовной Академии). Строгий классический ансамбль храма завершался иконостасом, изготовленным из белого искусственного мрамора; паруса куполов храма были украшены сохранившимися и поныне росписями, принадлежащими кисти известного художника, академика живописи Петра Михайловича Шамшина. Его работы украшают многие петербургские храмы (в том числе Исаакиевский собор, храм Иоакима и Анны на Моховой улице), украшали они и московский храм Христа Спасителя.

Первоначально университетскую церковь предполагалось освятить в честь св. ап. Петра - небесного покровителя Петра Великого. Но император Николай I, утверждая 12 апреля 1836 г. план перестройки здания Двенадцати коллегий, приказал освятить церковь во имя апостолов Петра и Павла - святых покровителей города Санкт-Петербурга. 29 июня (12 июля, по новому стилю), в день первоверховных апостолов Петра и Павла в Университете был совершен торжественный чин освящения университетской церкви во имя св. Апостолов Петра и Павла. Освящал храм, присутствующий в Синоде преосвященный Нафанаил, епископ Псковский. Новый 1837/1838 учебный год начался с торжественного молебна. Впоследствии торжественным молебном в университетской церкви знаменовалось начало каждого учебного года, все церковные праздники, памятные исторические даты, юбилеи профессуры. Молебен ежегодно служили и 8 февраля - в день основания университета.

После октябрьского переворота большевики начинают активную борьбу с Церковью. 23 января 1918 г. принимается Декрет "Об отделении церкви от государства и школы от церкви". В соответствии с этим Декретом началось закрытие домовых церквей в учебных заведениях. Подлежал закрытию и университетский храм, настоятелем которого с 4 апреля 1918 г. был поставлен прот. Николай Кириллович Чуков - бывший ректор Олонецкой семинарии и будущий митрополит Ленинградский и Новгородский, в монашестве - Григорий. Однако, благодаря заступничеству ректора Университета профессора истории Эрвина Давидовича Гримма и сменившего его на ректорском посту профессора - зоолога Владимира Николаевича Шимкевича, закрытие оттянулось на год. Очень много в это последнее перед закрытием время сделал для церкви ее староста, академик Б. А. Тураев - крупнейший специалист по христианскому Египту и Эфиопии, участник Поместного Собора и один из составителей службы всем святым, в земле Российской просиявшим. До своей смерти в 1920 г. он был старостой университетской церкви и любил читать в ней Апостол. Однако, несмотря на все хлопоты, в 1919 году храм был закрыт. После закрытия университетская церковь переместилась в квартиру филолога-слависта академика Срезневского, ее прихожанина, расположенную на Биржевой линии. В помещении же храма сначала располагался клуб, затем - аэродинамическая труба одной из лабораторий. В конце 70-х годов помещение было частично отреставрировано и передано музею истории университета, располагающемуся здесь и доныне.

В 1990 году инициативная группа верующих университета обратилась к ректору с просьбой о возрождении университетской церкви. Заявление подписали известные ученые города: А. А. Алексеев, Л. Н. Гумилев, О. А. Ладыженская, Д. С. Лихачев, А. М. Панченко, И. М. Стеблин-Каменский и другие, всего около тысячи человек. Однако, несмотря на то, что вопрос этот неоднократно поднимался на ученом совете, своего окончательного разрешения он так и не получил.

С 1996 года, когда православную общину возглавил выпускник физического факультета Университета, кандидат физико-математических наук, кандидат богословия, протоиерей Кирилл Копейкин, в помещении храма начались регулярные богослужения. Силами православной общины были собраны материалы для канонизации последнего настоятеля университетского храма, священномученика протоиерея Владимира Лозино-Лозинского, выпускника университета, расстрелянного в 1937 году и причисленного к сонму российских новомученков на Архиерейском Соборе 2000 года. Ранее, в 1992 году, был причислен к лику святых другой наш универсант - святой мученик Юрий Новицкий, профессор Петроградского университета, расстрелянный в 1922 году вместе со св. митрополитом Вениамином. Сегодня молитвами святых небесных заступников нашего университета и трудами университетской общины в помещении церкви ведутся проектные и реставрационные работы по восстановлению алтаря, иконостаса и солеи университетской церкви. Необходимо восстановить и притвор храма, расположенный на площадке третьего этажа парадной лестницы. Выполняется проект декоративно-художественной решетки для притвора. Проходит также этап проектирования и согласования восстановления исторического завершения церкви над главным входом в здание государственного университета. Мы надеемся на участие в восстановлении здания и выдающихся выпускников нашего университета.