Церковь во имя выдающегося деятеля Русской Церкви XIV в. святителя Петра митрополита Московского (Киевского) построена в 1911-1912 годах при подворье Свято-Троицкого Творожковского женского монастыря Санкт-Петербургской епархии в бывшей Московской Ямской слободе.

В 1903 г. купец 2-й гильдии, домовладелец Петр Евграфович Семенов и его супруга Александра Филипповна купили пустопорожний участок на углу Екатеринославской (современной Днепропетровской) и Роменской улиц и обратились с ходатайством о строительстве на нем "каменного дома с церковью". Прошение было одобрено Императором 3 июля 1911 г.

Комплекс каменных зданий был сооружен в 1911-1912 гг. по проекту епархиального архитектора, гражданского инженера А.П.Аплаксина, выдающегося мастера неорусского стиля.

Редкой особенностью архитектуры подворья является сочетание стилизованных деталей и композиции, свойственных зодчеству Древней Руси ("псковско-новгородскому", а также московских шатровых храмов XVI в.). Здания отличаются сложной ассиметричной композицией с завершениями необычной формы, высоким качеством отделки с применением монументальной живописи на фасадах.

Главный придел верхнего храма во имя Святителя Петра был освящен 2 декабря 1912 г., южный придел - в честь Пресвятой Троицы в 1913 г., главный придел нижнего храма освящен в 1919 г. cвященномученником Вениамином, митрополитом Петроградским во имя Святителя Николая Чудотворца, южный придел - во имя Святой Равноапостольной Великой Княгини Ольги.

С 1919 г. храм получил статус приходского, принадлежал до 1927 г. Патриаршей церкви. В 1922 г., несмотря на сопротивление верующих, представителями власти были изъяты церковные ценности. Храм закрыт 22 марта 1930 г. В 1932 г. здания переданы заводу "Гидравлик". К 1939 г. разобраны шатровые завершения церкви и четыре малых барабана с луковичными главками, крыльца, кокошники - щипцы и кровля, здания перестроены, уничтожены наружные росписи и внутреннее убранство в древнерусском стиле.

9 августа 1994 г. распряжением мэрии Санкт-Петербурга подворье возвращено Санкт-Петербургской епархии под богослужебные цели Прихода. С этого времени ведутся реставрационные работы по проектной документации "Ленпроектреставрации".

Здания Творожковского подворья представляют собой один из двух сохранившихся в Санкт-Петербурге комплексов монастырских подворий в неорусском стиле. Церковь, несмотря на наличие значительных утрат, является градостроительной доминантой и воспринимается с полотна Октябрьской железной дороги, при въезде в город со стороны Москвы.

Храм по своему местоположению, по освящению во имя Святителя Петра Митрополита Московского, по стилю, ориентированному на древнерусскую архитектуру, зримо связывает две российские столицы.

Церковь возрождается молитвами, трудами и пожертвованиями верующих.