Когда на кладбище появился каменный храм, первую деревянную церковь переделали и 8.ХI.1792 освятили как "оспенную" во имя Архангела Михаила. В 1818 ее отремонтировали, но наводнение 1824, от которого эта часть острова сильно пострадала, нанесло постройке ощутимый ущерб. Живописец В. Л. Боровиковский, написавший в следующем году храмовый образ (ныне в Русском музее), хотел возобновить на свои деньги церковь, однако смерть в апреле 1825 помешала ему сделать это

Полуразрушенное здание в 1829 разобрали, передав иконостас в дом имеретинской царицы Марии. В сентябре того же года было заложено, а 20.ХII.1831 во имя Пресвятой Троицы освящено новое каменное здание, возведенное слева от Смоленской церкви по проекту В. Т. Кульченкова. В нем 13.11.1832 на хорах освятили Михайловский придел, куда перенесли убранство из старого храма. Через восемь дней на нижнем этаже освятили придел мчч. Сергия и Вакха. Новые иконы исполнил Павлов, роспись - М. Я. Ширяев. Позже этот придел был переделан на средства старосты А. А. Баринова и 7.Х.1892 снова освящен. В 1900 напротив храма выстроена часовня для па-нихвд, а через три года он подвергся основательному ремонту

Здание церкви оказалось непрочным; в 1904 началась его полная перестройка в русском стиле по проекту акад. М. Т. Преображенского и арх. И. И. Яковлева.

Освящение обновленного храма совершил 21.VI.1905 епископ Нарвский Антонин. Перестройка стоила около 100 тыс. руб.; в цокольном этаже был устроен Михайловский придел с усыпальницами. Роспись исполнил С. И. Садиков, образа - А. Н. Новоскольцев и Ф. Р. Райлян. Закрыт 21.II.1932 и вскоре снесен.

Новый храм строится.