Основатель женского монастыря на Карповке – святой прававедный Иоанн Кронштадтский. Строительство монастыря началось весной 1900 г. по проекту архитектора Никонова, который был рассмотрен Императором Николаем II, на участке земли, пожертвованном о. Иоанну купцом Симеоном Раменским.

Определением Святейшего Синода в феврале 1903 г. монастырю придан статус самостоятельного, названного Иоанновским в честь Иоанна Рыльского, во имя которого был заложен в нижнем этаже здания первый храм обители. О. Иоанн освятил его 17 дек. 1901 г.
Был сооружен собор во имя Двенадцати апостолов с двумя приделами: правый - в честь Казанской иконы Богородицы и левый - во имя святителя Андрея Критского и преподобной Марии Египетской, освященные в 1903 г. Храм венчали пять мозаичных куполов с золочеными крестами, а на его западной стороне возвышалась колокольня.

В обители проживало более 350 насельниц. В монастыре были золотошвейная, белошвейная мастерские, своя типография, большая иконописная мастерская, лазарет на 10 коек, просфорня с двумя печами; в одной большой печи выпекалась за раз тысяча просфор.
Усыпальница Иоанна Кронштадтского располагается под церковью святого Иоанна Рыльского. Небольшой, отделанный белым мрамором храм был освящен во имя святого пророка Илии и святой царицы Феодоры, небесных покровителей отца и матери почившего пастыря.
В 1924 г. монастырь официально был закрыт.

В ноябре 1989 г. началось восстановление монастыря. Сначала он был передан как подворье Пюхтицкому Успенскому женскому монастырю. Не покладая рук, трудились пюхтицкие монахини во главе со старшей сестрой -монахиней Георгией. 24 марта 1991 г. мать Георгия по благословению Его Святейшества Святейшего Патриарха Алексия II была возведена в сан игумений и поставлена настоятельницей Горнен-ской обители святого града Иерусалима. Старшей сестрой в обители на Карповке была назначена монахиня Серафима.

Для храма был изготовлен иконостас - деревянный резной - точная копия бывшего в соборе первоначально. Дня него были заказаны и написаны иконы. Купола храма вновь увенчались крестами. На престольный праздник, 12 июля 1991 г., собор был освящен.
25 декабря 1991 г. Иоанновский женский монастырь стал самостоятельным и приобрел статус ставропигиального. 29 апреля 1992 г. старшая монахиня Серафима была возведена в сан игумений и назначена настоятельницей.

С первых дней восстановления обитель находится под постоянным попечительством и заботой Первосвятителя Русской Православной Церкви. Святой праведный Иоанн Кронштадтский (1829-1908), великий чудотворец, прославлен Русской Православной Церковью в 1990 г. Его Святейшество Святейший Патриарх Алексий II возглавлял празднования, посвященные канонизации праведного батюшки. 12 июля 1991 г. Святейший Патриарх совершил освящение главного храма во имя собора Двенадцати апостолов.

Господь послал в восстанавливающуюся обитель опытных монахинь из Пюхтиц, Феодосии, Иерусалима. Благодаря им вновь пришедшие сестры смогли воспринять древний уклад монашеской жизни.

В стенах обители открыта воскресная школа.

В 1992 г. по благословению Его Святейшества Святейшего Патриарха Алексия II монастырем был приобретен участок земли в поселке Вартемяки - бывшее имение графа Шувалова, семья которого в 1917 г. эмигрировала во Францию. В живописном месте на возвышенности усадьбы стоит храм святой мученицы Софии, построенный в первой половине XIX в. Он сильно пострадал от пожара. Богослужение на подворье совершается в маленькой домовой церкви, а не в храме. У насельниц появилось много новых забот. Не успел окончиться ремонт в главном здании монастыря, пришлось начать работы по восстановлению разрушенной церкви. Испросив благословение Божие на труды, сестры стали осваивать подворье.

В монастыре покоятся мощи святого праведного Иоанна Кронштадтского.

14 июня 1990 г. к числу святых, своими делами и молитвами прославивших Петербург и весь русский север, был причислен еще один - праведный Иоанн Кронштадсткий. Его прославление происходило в Санкт-Петербурге (тогда еще Ленинграде) при огромном стечении народа в Иоанновском монастыре. Но в сущности, прославление его в сердцах русских людей совершилось очень давно, еще при жизни святого. Он был одним из тех немногих людей, которых жаждали видеть и в лачуге бедняка, и в царском дворце. Сотни раз отпускал он грехи отходившим в мир иной нищим. Он же принимал последнюю исповедь главы величайшей в мире монархии Александра III. Обращаясь к простому священнику с последними словами, властитель шестой части мира сказал: "Вы святой человек. Вы праведник. Вот почему вас любит русский народ".

Святой Иоанн Кронштадский также является небесным покровителем Петербурга, хотя и он не был уроженцем столицы. Но почти вся его сознательная деятельность была тесно связана с Петербургом и Кронштадтом.

Родина святого Иоанна затерялась среди дремучих лесов и болот Архангельской губернии. Лишь по широкой реке Пинеге можно добраться до этого глухого места. На берегу ее в 50-ти верстах от старинного Веркольского монастыря расположилось маленькое село Сура. Здесь 19 октября (1 ноября по ст. стилю) 1829 г. в семье дьячка Ильи Сергиева и его жены Феодоры родился мальчик. Он был таким слабым и болезненным, что родители, опасаясь за его жизнь, сразу окрестили его и нарекли Иоанном в честь преподобного Иоанна Рыльского, болгарского святого, память которого праздновали в тот же день. Вскоре после крещения младенец стал быстро поправляться. Родители приписали это благодатному действию таинства крещения и стали с особым усилием направлять его мысль к Богу, приучая к усердной домашней и церковной молитве.

Детство Иоанна чем-то напоминает детство величайшего подвижника земли Русской святого Сергия Радонежского. Не увлекаясь свойственным детскому возрасту играми, он постоянно носил в своем сердце память о Боге, был сосредоточен и замкнут, но одновременно пользовался среди односельчан большим уважением. Уже тогда его детской молитве придавали большое значение. Пропадет ли лошадь у мужика, случится ли горе, заболеет ли кто, идут просить Иванушку помолиться.

Закончив первым Архангельскую духовную семинарию, он был принят на казенный счет в Санкт-Петербургскую Духовную академию. Во время обучения в академии, он мечтал о том, как после ее окончания отправится миссионером на Аляску. Но жизнь распорядилась иначе. Ему пришлось без остатка отдать себя русским "язычникам" - обитателям трущоб Кронштадта. Он становится настоятелем Кронштадтского Андреевского собора. Жена его, Елизавета Константиновна, урожденная Несвицкая, с которой он сохраняет целомудренные отношения, становится верной его помощницей на всю жизнь. Паства отца Иоанна была действительно не менее "языческая", чем аборигены далекой Аляски. Кронштадт был местом высылки из столицы разного рода порочных людей. Безверие, пьянство, полное моральное разложение стало уделом многочисленных обитателей грязных лачуг и ночлежек Кронштадта.

Среди таких, казалось окончательно нравственно погибших людей, начинает своей пастырский путь отец Иоанн. Ежедневно он посещает убогие жилища, беседует с людьми, утешает их, помогая материально, раздавая все, что имел сам. Под влиянием его слова среди этих людей, возвращающихся к жизни, возникает вера в святость отца Иоанна, вера, которая проникает в разные слои населения Кронштадта и Петербурга, а затем и всей России. На проповеди отца Иоанна стекаются десятки тысяч верующих. И не только бедняки, но и многие очень богатые люди, испытывающие душевный надлом или переживающие глубокую жизненную драму. Их пожертвования были основой для благотворительной деятельности отца Иоанна: помощи больным и страждущим, созданию различных благотворительных учреждений. Среди них был "Дом трудолюбия" в Кронштадте, где воспитывались и приучались к труду тысячи мальчиков и девочек из беднейших семей, а также приобретали профессию многие сотни выбитых из колеи взрослых людей.

Много хорошего сделал отец Иоанн и для своей северной родины, где на его средства был основан Иоанно-Богословский женский монастырь в селе Сура, возведены и отреставрированы многие храмы в Архангельске и других местах севера России. Но большая часть его жизни была связана с Кронштадтом и Петербургом. В Кронштадтском Андреевском соборе он отслужил свою последнюю службу и скончался 20 декабря 1908 г. (2 января 1909 г. по н.ст.).

Местом его упокоения и стал Иоанновский монастырь на Карповке. В подвальном помещении монастыря находится церковь-усыпальница, в которой покоятся святые останки отца Иоанна. Отпевание совершал сам митрополит Санкт-Петербурга со всеми находившимися в столице архиереями, при огромном стечении народа. С раннего утра до позднего вечера здесь служились молебны и редкий православный человек, прибыв в столицу, не приходил помолиться к этому святому месту.