Храм св. пророка Божия Илии был построен в 1796 году русскими жителями Выборга на миром собранные деньги.
Проект храма выполнил Иоганн Брокман. Он прибыл в Выборг из Ревеля (Таллина) и в августе 1784 года приказом по Выборгскому наместничеству был назначен "механиком в строительный отдел". Композиция Свято-Ильинского храма состояла из колокольни, двух приделов к ней с северной и южной стороны, прямоугольного в плане молельного зала под двускатной крышей, и алтарной апсиды с восточной стороны. Колокольня имела три яруса. Верхний ярус колокольни прорезали четыре широких проема с полуциркульными завершениями и оградами из балясин внизу. Эти широкие арки-звоны были выполнены в строгих формах классицизма, общепринятых в постройках русских церквей конца XVIII - начала XIX вв.
Облик колокольни менялся. Вначале она была увенчана покрытием усложненной формы с высоким "шпицером" и православным крестом. Позже это навершие заменили луковичной главкой, над которой укрепили тот же крест. Вторая главка с крестом возвышалась над алтарем.
Церковный сад первых десятилетий после постройки храма имел характерную для своего времени ограду. На кирпичном и местами гранитном основании квадратные в плане столбики несли, по всей видимости, деревянный штакетник. Ворота перед главным входом держались на кирпичных столбах. Все столбы ограды на металлических покрытиях несли скульптурные украшения.
В 1896 году, ровно через сто лет после постройки храма, с северной стороны от него возвели домик привратника. Проектировал его архитектор И.Бломквист (1855-1921). Строение было маленьким, одноэтажным, с двумя окнами на улицу. Стены выложены из красного облицовочного кирпича. Кровля - железная, вальмовой формы, окрашивалась в зеленый цвет. Углы дома были украшены объединенными попарно тонкими колонками и шарообразными акротериями над ними.
После обретения Финляндией самостоятельности, по решению Государственного Совета от 11 декабря 1929 года, был создан финский православный приход. С тех пор в Свято-Ильинском храме православные богослужения проходили на финском языке.
В 1939 году в храме произвели капитальный ремонт. Было произведено подключение к центральному отоплению. 26 ноября 1939 года в Свято-Ильинском храме было совершено первое богослужение после этого ремонта, а через четыре дня началась "зимняя война" между СССР и Финляндией.
Во время военных действий колокольня и крыша были частично разрушены в результате попаданий артиллерийских снарядов. Храм и местность вокруг него пришла в запустение.
13 июля 1945 года на заседании Исполнительного комитета Выборгского горсовета депутатов трудящихся было принято решение об организации воинского кладбища, "архитектурно - оформленного с монументальными сооружениями на века, увековечивающими память бойцов и офицеров Красной Армии, погибших в боях за освобождение г. Выборга в Великой Отечественной войне", и "передаче разрушенной церкви командованию Красной Армии, как строительный материал (кирпич)" для него.
Воинское кладбище устроено не было; храм полностью разобрали на строительный материал. На момент начала восстановительных работ никаких остатков прежнего фундамента обнаружено не было. Позднее, на территории православного кладбища были построены промышленные сооружения, а место, где ранее находился Свято-Ильинский храм, было заасфальтировано, и на нем разместилась платная автостоянка. Чтобы память жителей Выборга, при виде запустения на Ильинской горе, не беспокоилась воспоминаниями об утраченном храме, ее склон "украсили" монументальным транспарантом "Пролетарии всех стран соединяйтесь!".
1 февраля 1991 года в Выборге образовался благотворительный фонд "Воссоздание церкви Илии Пророка" во главе с искусствоведом, почетным гражданином города Выборга, участником Великой Отечественной Войны, штурма и взятия Берлина Евгением Евгеньевичем Кеппом. Благодаря его большой известности в городе и личным усилиям, в декабре 1994 года началось строительство домика привратника, который до разрушения был частью архитектурного комплекса Свято-Ильинского храма, и, несколько позднее, начались работы по закладке фундамента храма и возведение стен колокольни.
В ноябре 1995 года Приходской совет, преобразованного в православный приход благотворительного фонда "Воссоздание церкви Илии Пророка", обратился к правящему архиерею с прошением о назначении настоятеля в строящийся Свято-Ильинский храм, и утверждении на эту должность штатного клирика Спасо-Преображенского собора города Выборга священника Игоря Викторовича Аксенова, который к тому времени уже оказывал помощь в возрождении храма.
30 июня 1997 года строительство храма впервые посетил правящий архиерей - Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир. Ему очень понравилось как идет строительство, и как мы обустроили домик привратника. Владыка тогда нас очень поддержал.
1 января 1999 года, по благословению Митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Владимира, первым настоятелем возрожденного Свято-Ильинского храма священником Игорем Аксеновым был совершен чин малого освящения храма, и на следующий день, 2 января, была совершена первая Божественная Литургия. Последняя Евхаристия совершалась на этом месте в декабре 1939 года. Милостью Божией, почти через 60 лет на Ильинской горе возобновилось принесение бескровной жертвы за грех людской. После Литургии был отслужен благодарственный молебен Спасителю.
31 октября 1999 года Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир совершил полный чин освящения Свято-Ильинский храма, и совершил в нем Божественную Литургию. В основание св. престола были положены частицы мощей святых мучеников Прова, Тараха и Андроника, которые доблестно пострадали за веру во Христа Спасителя в царствование императора Диоклетиана в 304 году. Память их совершается 12 октября н.ст.
К началу 2001 при содействии Божием, здание храма как внутри, так и снаружи, было практически полностью восстановлено. Внутри храма уже велись штукатурные работы, которые должны были подготовить стены и свод храма к росписи. Снаружи над входом в храм была помещена мозаичная икона Илии пророка, лик которого теперь встречает каждого прихожанина
Вопрос же внутренней росписи храма встал особенно остро. К сожалению, изображения или хотя бы четкие фотографии внутреннего убранства храма до его разрушения не дошли до наших дней. Настоятелю и иконописцам пришлось заново продумывать не только выбор и расположение каждой иконы, но и общую идею украшение храма. Дело это не из простых. Роспись храма является одним из ключевых моментов в деле строительства. Внутреннее убранство храма, как впрочем, и его архитектура - это своеобразная проповедь Евангелия, жизни во Христе и единения всех творений в Боге. Наиболее ярко это выражено в росписи русских храмов 12-15 веков. Иконы, созданные в этот период, удивительно образом передают такие душевные настроения, как пламенная надежда и успокоение в Боге. Поэтому не случайно настоятелем и иконописцами Ильинского храма это письмо было взято за основу для росписи внутреннего убранства.
До 2001 года большинство икон в храме, да и непосредственно иконостас представляли собой репродукции. По мере того, как иконописцами создавались иконы, репродукции вынимались, и на их место ставились писанные иконы. Начаты работы были с иконостаса, нижний и деисусный ряды которого к концу 2001 года были уже полностью обновлены.
В апреле 2001 года Леноблпроекту было поручено провести проектно-изыскательские работы по строительству трехэтажного церковного дома. Первая часть проектно-конструкторской документации была выполнена за год, что позволило получить разрешение на начало строительно-монтажных работ и в 2002 году приступить к строительству.
С церковным домом у прихода Свято-Ильинского храма связаны большие надежды на развитие миссионерской деятельности в городе. На первом этаже церковного дома планируется устроение полноценного детского православного театра (со сценой, зрительным залом, театральным освещением и звуком), в котором будут представляться не только Рождественские и Пасхальные представления, но и другие театральные постановки для детей, а также, возможно выступление различных хоров, музыкальных коллективов, проведение различных мероприятий. Чтобы поставить деятельность приходского театра на постоянную основу непосредственное руководство им планируется возложить на директора Выборгского центра русского фольклора Любицкую Е.С., которая вот уже несколько лет принимает активное участие в постановке всех Рождественских и Пасхальных представлений. Также, в церковном доме, в цокольном этаже, в трех помещениях под прозрачными колпаками планируется размещение столярной мастерской, детско-юношеской изостудии и иконописного класса (одновременно и мастерской), который будет вести иконописец-наставник А.Н.Кириленко. На втором этаже планируется размещение большой церковной лавки, крестильни, которая одновременно будет служить и помещением для катехизических бесед, трапезной, архива и библиотеки. Помимо церковной лавки и крестильни на втором этаже будет находится молодежный интернет-клуб "Православная миссия 21 века", в котором молодежь будет заниматься просмотром православных интернет-сайтов, участием в христианских форумах в Интернете и постоянным обновлением интернет-сайта нашего храма. Третий, - мансардный, - этаж церковного дома планируется полностью отвести под гостиницу.