1904 году началась русско-японская война, унесшая тысячи жизней русских солдат. После окончания войны начальник духовной миссии в Корее архимандрит Павел предложил для увековечения памяти павших воинов построить во Владивостоке храм-памятник, причем этот храм должен был архитектурно соединять в себе церковь и школу, в которой могли бы учиться дети простых людей.

3 декабря 1905 года городская дума вынесла постановление: «Отвести в конце улиц Японской и Маньчжурской (Карла Либкнехта и Махалина) участок земли размером 2880 кв. сажен для постройки церкви-школы».

Весь 1906 год прошел в сборе средств, и только в начале 1907 года приступили к строительным работам.
В воскресенье 9 декабря 1907 года церковь-школа была торжественно освящена его Преосвященством епископом Евсевием. Престол храма был освящен в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радосте».

Первым священником, заведующим и законоучителем церкви школы был иеромонах Варфоломей. 16 сентября 1908 года начались регулярные занятия. В 1909 году в школе обучалось уже 77 детей из Рабочей и Матросской слободок. Школа при церкви и библиотека были закрыты в 1923 году. Церковь же действовала до 1927 года. В 1927 году техническая комиссия, осмотрев здание церкви, вынесла решение: «Церковь закрыть, так как здание требует капитального ремонта». Постановлением Горисполкома № 51 от 30 июля 1927 года церковь «Всех Скорбящих Радосте» была закрыта.

Храм школа памяти убиенных Русских воинов возвращена верующим в 1972 году. После реконструкции 8 мая 1976 года здесь возобновились богослужения.

Главный предел освящен во имя Святителя Николая Мирликийского Чудотворца, второй предел был освящен в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радосте».

В 1991 году с восстановлением Владивостокско - Приморской епархии храм получил статус кафедрального Собора епархии.

В 1997 году с первого сентября открыта церковно-приходская школа. В 1999 г. школа преобразована в православную гимназию.Это первая православная гимназия на Дальнем Востоке..

Настоятель Свято - Никольского кафедрального Собора протоирей Игорь Талько.