Монастырь основан примерно в 1447 году иноком Снетогорского монастыря Евфросином. В 1764 году монастырь упразднён, в 1766 году восстановлен.

В 1920-х годах монастырь закрыли. На территории монастыря находились школа, санаторий, турбаза. Здания частично разобраны.

В 2000 году монастырь восстановлен как женский.

-------------------------

Собор Трех Святителей Великих построен (датируемый) в 1574 году. С юга к храму примыкает Рождество-Богородицкий придел, с севера ризница, с запада паперть и невысокая колокольня с шестигранным ярусом звона. В 1870-е годы устроена кровля на четыре ската, купол грушевидной формы. В 1902 году перестроен Рождественский придел.

В 1926 году храм закрыт. Здание церкви использовалось в хозяйственных целях. В 1989 году обрушилась колокольня.

В 2000-х годах храм отремонтирован, в подклете под Рождественским приделом устроен придел преподобномученицы Елисаветы Феодоровны.

Домовая церковь во имя Архангела Гавриила и прочих Сил бесплотных устроенная в 1910 году в двухэтажном здании келий построенном в 1904 году.

В 1920-х годах закрыта.

Архангельская церковь восстановлена в 2000-х годах.

Часовня Спасителя построена у Святых ворот в 1865 году на месте встречи чудотворного образа Спаса в 1766 году.

Разрушена в середине 20 века.

Восстановлена не ранее 2010 года.

Часовня преподобномученицы Елисаветы Феодоровны построена в 2016 году над могилой настоятельницы монастыря игуменьи Елисаветы (Беляевой) (1956-2010).

Деревянная церковь Евфросина Псковского (холодная) построена примерно в XVII веке на месте первоначальной постройки монастыря. Храм освящен во имя Онуфрия Афонского, в XIX веке перестроен и переосвящен в Евфросиновский. При церкви монастырское кладбище.

В середине 20 века разрушена.

Домовая церковь Иконы Божией Матери Державная при монастырской богадельне и паломническом центре устроена в 2000-х годах.

Сергиевская церковь при Спасо-Елеазаровском монастыре построена как кладбищенская в 2015-2017 годах. 8 октября 2017 года освящена.

Часовня Евфросина Псковского построена из булыжного камня в 1865 году у кладбищенской церкви, над каменным крестом, у которого в XV веке молился преподобный Евфросин.

В середине ХХ века разрушена.

В 2010-годы построена на берегу Елеазаровского (Ольгина) озера.

Деревянная часовня-сень у Спасо-Елеазаровского монастыря построена в XIX веке над братской могилой защитников монастыря, убитых в 1581 поляками.

В ХХ веке разрушена.

Деревянная часовня Зосимы и Савватия Соловецких у Спасо-Елеазаровского монастыря построена в 1909 году на монастырской пасеке.

В середине ХХ века разрушена.

В 2014-2015 годах восстановлена.

Часовня Преображения Господня при Спасо-Елеазаровском монастыре построена в 2010 году.

Деревянная часовня Иконы Божией Матери Цареградская при Спасо-Елеазаровском монастыре на святом источнике построена в XIX веке.

В ХХ веке разрушена.

Восстановлена в 2000-х годах.