Каменная церковь святого Николы с Городища находится внутри древнего городища и является его архитектурной доминантой. Она было выстроена гораздо позже, когда жизнь на Труворовом городище уже замерла. Хорошо сохранившаяся до наших дней, она является интересным образцом псковской архитектуры позднего времени: четырехгранник с четырехскатной кровлей, который венчает главка в виде колокольчика с крестом. Украшено здание нишами с вкладными крестами, в нижней части здания сохранилась древняя кладка.

Строгим и одновременно праздничным выглядит церковь на фоне голубого Изборского неба. Это вытянутое с востока на запад сооружение, состоящее из трех объемов. Церковь подобна кораблю — центральная часть здания представляет собой вытянутый ввысь четырехгранник.

К основному четверику примыкает трапезная, которая имеет открытое крыльцо на северном фасаде, а над ней возвышается великолепная двухъярусная трехпролетная звонница под которой размещается сводчатая паперть с несколькими ступенями входа. Единственным украшением церкви являются вкладные кресты.

Никольский храм, несмотря на свою цельность и небольшие размеры, сложное трехчастное сооружение, характерный и оригинальный образец монастырской архитектуры. Несмотря на перестройки, от него веет архаикой. Маленькая церквушка срослась с холмом, составляя с ним единое целое, как часть городища и часть самой природы.

Ранее здесь располагался мужской монастырь. По описанию после пожара 1682 года церковь значится как существующая каменная, «крыта тесом, притвор деревянный, рублен из бревен, крыт тесом же»,… «перед церковью под кровлей на брусу три колокола малых …». Как видно из описания, каменный притвор с погребом, папертью и звонницей в один ярус появились позднее, в XVIII веке (до описания 1763 г., в котором упоминается каменный однопрестольный храм с каменной же главой, обитый жестью и под тесовой кровлей уже с притвором, погребом и «колокольней»). Из других построек XVII — XVIII веков в описаниях упоминаются не сохранившиеся деревянная ограда со Святыми дощатыми воротами, деревянные кельи, конюшни, житницы, поветь для коляски, хлев, да один каменный погреб. Монастырь занимал площадь 36—44 сажени. Вскоре после 1763 года он был упразднен, а Никольский храм обращен в приходскую церковь, с 1830 года приписанную к Изборской церкви Рождества Богородицы.

Приходской храм, судя по клировым ведомостям, не перестраивался. В нем производились лишь ремонты, не очень значительные реставрационные работы, надстроен верхний ярус звонницы. По наблюдениям исследователя К. К. Романова, последняя серьезная реконструкция древнего храма с перекладкой сводов, всей верхней части с барабаном и главой относится к XVIII века — ко времени строительства каменного притвора и звонницы. От приходского периода осталась каменная плитняковая ограда и небольшое кладбище вокруг церкви.