Кожеезерский Богоявленский мужской монастырь был основан в 60-х годах XVI в. В то время здесь, у оз. Коже, в полном уединении проживал пустынник - священноинок Нифонт. В 1565 г. к нему пришел Сергий, бывший пленный казанский царевич Турсас Ксангарович, затем обращенный в Православие. Сергий был пострижен в иночество с именем Серапион. Слава о подвигах пустынников быстро распространилась и привлекла к ним других иноков, ревнующих о духовном совершенстве. При Кожском оз. образовалось значительное общежитие - монастырь Богоявления Господня. Видя умножение братии, Нифонт поручил их Серапиону, а сам отправился в Москву для сбора пожертвований и для исходатайствования разрешения на устройство монастыря. Прибыв в Москву, Нифонт вскоре скончался и был погребен в одном из монастырей; После этого с просьбой об устроении обители и пожаловании ей земли в Москву отправился Серапион. Ходатайство увенчалось успехом. Царь Феодор Иоаннович в 1585 г. пожаловал новоустрояющемуся монастырю грамоту об отводе ему земель, а митр. Дионисий благословил устроение обители. По возвращении из Москвы Серапион с братией ревностно принялись за создание обители. Духовная жизнь в обители быстро развилась. В монастыре некоторое время был игум. Никон, впоследствии Патриарх Московский. В 1758 г. обитель была приписана к Спасо-Преображенскому монастырю, а затем в 1764 г. упразднена. Вместо неё был открыт сельский приход. Возобновление Кожеезерского монастыря началось в 1851 г. По указу Священного Синода он был сначала приписан к Николаевскому Корельскому монастырю, а затем в 1853 г. по Высочайшему указу стал самостоятельным, и в нем введен был общежительный устав.

Целью его возобновления была борьба с расколом. В Онежском, Пудожском и Каргопольском уездах эта обитель была источником христианского просвещения и оплотом Православия против царящего здесь раскола. Монастырем управлял архимандрит.

Храмов в обители было три. Один каменный в честь Успения Пресвятой Богородицы с двумя приделами. Второй храм тоже каменный во имя св. Иоанна Предтечи, переделанный из часовни над гробницами прп. Серапиона († 611 г.), и первого игумена монастыря Авраамия. Мощи их почивают под св. престолом Предтеченской церкви. В этой же церкви находилась местно-чтимая святыня - икона Тихвинской Божией Матери; каждую субботу перед ней пелся акафист. Третий храм - деревянный в честь Богоявления Господня; здесь под спудом покоятся нетленные мощи прп. Никодима Хозьюгского († 640 г.). Удаленность от населенных мест, суровость климата и малая производительность земли - обстоятельства, по которым монастырь был довольно беден и существовал главным образом на пожертвования благотворителей.

С начала девяностых годов шли разговоры о возврате монастыря Русской Православной Церкви. В 1997 году был воздвигнут Поклонный Крест. На следующий год появился первый насельник. В 1999 г. Богоявленский Кожеезерский монастырь официально возобновлен. Иеромонах Михей (Разиньков), по благословению Епископа Тихона, занимается трудным делом восстановления некогда славной обители. Сейчас воссоздается надвратная церковь обители.

Праздники: 27 июня/10 июля - прп. Серапиона; 3/16 июля - прп. Никодима Кожеезерского (Хозьюгского).

Проезд: в 110 км от Онеги. Дороги отсутствуют. Добраться можно на вездеходе или вертолетом.