Храм построен в столице Донского казачества в 1810 году и освящен Епископом Воронежским Арсением. Название атаманского он получил потому, что в течение долгих лет существования, многие атаманы Дона посещали его и молились в нем. Начиная с легендарного героя войны 1812 атамана Матвея Ивановича Платова и заканчивая последним белым казачьим генералом Антоном Ивановичем Деникиным, который по некоторым данным тайно венчался именно в этом храме. С тех пор прошло много лет. Из деревянного храм стал каменным. Он испытал и дни торжеств, и дни осквернения.

С 1995 года в храме началась новая жизнь. Он восстановлен молитвами и трудами многих людей и снова освящен, теперь уже Архиепископом Ростовским и Новочеркасским Пантелеимоном.