Кирпичная церковь построена в 1698-1699 годах вместо более ранней деревянной. Храм построен из кирпича от обрушившегося Успенского собора. Позже церковь капитально перестроена. Трапезная с приделами Иоанна Богослова и Стефана Архидиакона и колокольня в стиле классицизма пристроена в 1806 году.

Закрыта 18 ноября 1929 года, капитально перестроена. С 1950-х до 1990-х годов служила лекторием.

5 февраля 2000 года храм Илии Пророка был вновь освящен.