Самарская Духовная Семинария является старейшим духовным учебным заведением Поволжья, в 1998 году ей исполнилось 140 лет. Она была основана в 1858 году трудами архиепископа Феофила (Надеждина).

С 1902 по 1905 гг. Самарскую Духовную Семинарию возглавлял будущий новомученик архимандрит Вениамин (впоследствии митрополит Петроградский и Гдовский), почитающийся ныне как святой Русской Православной Церкви. Он является Небесным Покровителем Семинарии.

В 1906 г. в Петербурге утвердили проект здания учительской семинарии, разработанный архитектором А.А. Щербачевым. Проект предусматривал устройство домовой церкви в комплексе семинарского здания. Ее запроектировали в специальном двухэтажном объеме с восточной стороны постройки. Площадь храма составила 17,4 кв. саж.

01.09.1908 г. состоялась церемония закладки здания. В 1909 г. здание учительской семинарии выстроили. Домовую церковь освятили во имя свт. Иоанна Златоуста.

В 1918 году состоялся последний выпуск в Самарской семинарии. Большинство последних дореволюционных выпускников семинарии пополнили своими именами длинные списки новомучеников и исповедников Российских.

В 1992 г. малый Совет Самарского горсовета принял решение о возврате Самарской епархии здания бывшей учительской семинарии (решение подписал председатель горсовета А.Н. Иванов). В 1993 г. по благословению архиепископа Евсевия в этом здании открылся храм в честь прпп. Кирилла и Марии Радонежских, родителей прп. Сергия Радонежского. 19 августа 1993 г., в день Преображения Господня, была совершена первая Божественная литургия. Росписи в храме выполнил В.В. Чемирзов с группой иконописцев под руководством игумена Мануила (Литвинко) - руководителя иконописных мастерских Троице-Сергиевой лавры.

29 марта 1994 г. по благословению Святейшего Патриарха Алексия II управляющий Самарской епархией епископ Сергий издал Указ об открытии Самарского епархиального духовного училища.

Решением Священного Синода от 17.07.97 г. Самарское епархиальное духовное училище было преобразовано в Самарскую духовную семинарию. Ее ректором стал епископ Самарский и Сызранский Сергий.

В настоящее время в Самарской духовной семинарии действуют два отделения: регентское и пастырское с очной и заочной формами обучения.

Семинария является духовно-просветительским центром Самарской епархии. Здесь работает лекторий и катехизаторские курсы для взрослых, воскресная школа и хоровая студия для детей, библиотека, епархиальный церковно-исторический музей, располагается редакция журнала "Духовный собеседник".