Домовая церковь во имя святого апостола Иоанна Богослова в здании Саратовской духовной семинарии, построенном в 1885 году, освящена в 1885 году. Роспись церкви выполнил Лев Степанович Игорев, обучавшийся в Саратовской духовной семинарии. Престол во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова.

В 1918 году церковь и семинария закрыты. В военные годы в здании располагался военный госпиталь, позже педагогический институт, церковь переоборудована и разделена на семь отдельных помещений. В здании располагается педагогический институт Саратовского Государственного университета.

В 2007 году институт закрыт. В 2008 году здание семинарии передано Саратовской Епархии Русской Православной Церкви. 9 октября 2013 года Митрополит Саратовский и Вольский Лонгин в сослужении преподавателей семинарии в священном сане совершил первую Божественную литургию в храме. 26 октября 2014 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл соверешил Великое освящение храма.