Мужской монастырь основан в 1629 году старцем Мамантом на землях, принадлежащих матери царя Михаила Федоровича - Марфе Ивановне. В писцовых книгах 1677 года указывалось, что в Мамонтовской пустыни у Глубокого озера был один храм во имя святителя Николая Чудотворца с правым приделом во имя преподобного Алексия, Божьего человека. К храму примыкала трапезная и паперть, круглый пятистенный алтарь был прирублен отдельно. Имелась колокольня, иконы и утварь. Церковные главы были отделаны чешуей, кресты железом. В 1764 году монастырь упразднён, но её храмовые и хозяйственные постройки еще долгое время оставались монастырскими. Церковь обращена в приходскую.

Стараниями священника села Мамонтова Алексея Ивановича Кринова в 1905 году при храме образована новая община сестер на основе богадельни, в которой проживало к 1912 году двадцать крестьянских вдов.

В 1920-х годах закрыт.

С 2003 года началось возрождение Мамонтовой пустыни как женской обители по благословению епископа (ныне митрополита) Тамбовского Феодосия. На старом фундаменте были вновь возведены церковь, часовня и купель на Святом озере. Монастырь был вновь освящен 22 мая 2005 года.

Скульптор Зураб Церетели подарил епархии бронзовую скульптуру Николая Чудотворца для установления в Мамонтовой пустыне, но в июле 2007 года епископ Тамбовский Феодосий, ссылаясь на то что статуя выполнена с нарушениями православных канонов (святой изображен в римо-католической кардинальской мантии, зажимающим Святое Евангелие под мышкой), возвратил её автору. Вместо неё 22 мая 2008 в пустыни был открыт памятник святителю Николаю созданный заслуженным художником России Сергеем Исаковым. Отлитый в бронзе Николай Угодник держит в руках меч и здание храма.

---------------------------

После упразднения монастыря новая деревянная однопрестольная Свято-Никольская церковь построена в 1768-1775 годах по храмозданной грамоте епископа Тамбовского Феодосия для села Мамонтова. Новая церковь из соснового сруба находилась в пяти саженях от обветшавшего старого храма на небольшом взгорье возле озера Глубокого. В новых рубленых приделах, устроенных в 1865 году, разместилась ризница и престол в честь Покрова Божией Матери. Храмовые иконостасы с витыми колоннами были обильно позолочены. Храм имел много деревянных скульптур: в нижнем поясе над местными иконами находились изображения херувимов, искусно вырезанных из дерева и покрытых листовым золотом. Над иконостасом резное распятие, по сторонам резные изображения Иоанна Богослова и Пресвятой Девы Марии. Нижняя часть царских врат была оформлена деревянными скульптурами евангелистов в полный рост. Храм просуществовал до первой четверти XX столетия.

В 1912 году построена новая кирпичная церковь на средства прихожан и отца Кринова. Храм освящен в 1915 году.

После революции 1917 года в Николаевской церкви была устроена детская коммуна, затем винный магазин. В начале 1950-х годов церковь разрушена.

В наше время построена новая церковь.

---------------------------

Церковь Феодосия Печерского построена в 2002-2005 годах.

---------------------------

Домовая церковь Марфы Тамбовской устроена в келейном корпусе, построенном в середине 2000-х годов. В строительстве корпуса использованы остатки стен старого келейного корпуса 1910-х годов. Освящена малым чином 22 мая 2005 года, великим 9 декабря 2018 года.