Трегуляевский монастырь был основан Святителем Питиримом (Прокопием) в конце XVII века. Вместе со Святителем Митрофаном Воронежским и иереем Василием, Питирим выбрал для мужского монастыря место в десяти верстах от Тамбова на берегу реки Цны. Название "Трегуляй", по преданию, было дано в память о Питириме и его спутниках.Построенный на личные средства Святителя Питирима монастырь был освящен в 1688 году в честь Иоанна Предтечи. В лесу, вблизи монастыря, Питиримом был вырыт колодец, ставший чудотворным. Первые монастырские постройки были деревянными, часто уничтожались пожарами. Самый страшный пожар случился в 1717 году. Сгорело практически все: постройки, архивы, иконы Питирима, утварь. С этого времени начинается период каменного строительства обители. При епископе Феофиле (Раеве) в 1791 году был возведен соборный Иоанно-Предтеченский храм. Руководил строительством бывший саровский послушник Нафанаил, храм был похож на Казанский и Успенский храмы Сарова. К этому же времени относится возведение колокольни, трапезной, каменных келий, братских корпусов, настоятельских покоев. В 1895 году при епископе Иерониме (Экземплярском) на территории монастыря был заложен еще один храм в честь Спаса Нерукотворного. Строительство завершилось в 1902 году при епископе Георгии (Орлове).

Монастырь был известен в России: тысячи верующих со всей страны совершали паломничество в Трегуляй. После Октябрьской революции монастырь закрыли, колодцы засыпали. В памятнике духовной культуры разместились места лишения свободы, были осквернены храмы и монастырское кладбище. Настоящая трагедия разыгралась в 40-е годы ХХ века, когда территорию монастыря стали использовать для военного полигона. При освобождении территории были взорваны храмы. Уцелели только несколько построек, и до настоящего времени принадлежащих министерству обороны: часть трапезной, конюшни, ледник, сеносушильни: В 90-е годы ХХ века усилиями архиепископа Тамбовского и Мичуринского Евгения и верующих началось возрождение обители. Был расчищен склон у реки, раскопан колодец, возведен небольшой храм в честь Второго обретения мощей Святителя Питирима, оборудована крытая купальня. Возобновилось паломничество. Полноценное возрождение Трегуляевского монастыря продолжается.