Основание Храма напрямую связано с царем Иоанном Васильевичем, именуемым еще современниками Грозным. Через два дня после покорения Казани царь Иван IV - 4 октября 1552 г. по старому стилю (теперь это 13 октября, в XIV в. поправка была в 9 дней) торжественно въехал в поверженный город. Повсюду лежали павшие воины, которых царь приказал похоронить с подобающими почестями, что и выполнил игумен Иоаким, прибывший с царем. В этот же день на месте братской могилы, названной «русским кладбищем», царь повелел основать монастырь во имя Успения Пресвятой Богородицы, монахам которого предписал молиться вечно за убиенных. Монастырь стоял на возвышенном правом берегу реки Казанки (где сейчас Храм-памятник) и, к несчастью, начал подмываться весенними разливами.

Особо высокое половодье 1559 г. сильно разрушило монастырские постройки, которые были деревянные. Пострадал и храм. По просьбе игумена Иоакима царь Иоанн IV повелел перенести монастырь на новое место-на версту ниже по течению Казанки, на высокую гору, называемую Змеиной-Зилантовой, где была первая ставка, стояло его знамя с Образом Нерукотворным и походная церковь. С царской грамотой 1560 г. пришли и деньги - 300 рублей от царя и 100 рублей от царицы Анастасии. Она же прислала целый иконостас в Соборную церковь.

На высоком холме, образовавшемся при захоронении, уже в XVI веке была поставлена часовня, а поминальные службы служились в Зилантовом монастыре. Существует Синодик с именами всех павших, коих поименно упоминали на панихидах. Эта книга не раз перепечатывалась, и раньше можно было прочесть имена всех героев. В Синодике перечислены более восьмисот имен дворян из разных городов Российского государства, но, очевидно, общее число погребенных составляет несколько тысяч.

В 1805 г. из Симбирского Покровского монастыря был переведен в Успенский Зилантов архимандрит Амвросий Сретенский. Человек он был очень просвещенный и деятельный. Имел прекрасную библиотеку, после него остались богословские труды, им написанные и напечатанные.После победы над Наполеоном в России поднялась волна патриотизма, стали возводиться памятники в честь русского оружия и героизма. Амвросий решил создать на месте часовни памятник в виде «столпа», причем на свои средства, плюс небольшие пожертвования. Собрано было 5000 рублей.В 1812 г. проект памятника-столпа был представлен императору Александру I. Ему идея пришлась по душе, но он поручил переделать проект известному столичному архитектору Алферову. Однако Алферов создал только проект, надзор за строительством вел губернский архитектор А.К.Шмидт. Именно он сделал облицовку стен из белого камня. В 1813 г. государь утверждает план, а от себя жертвует 5000 рублей. Царская семья добавила столько же. Была объявлена всенародная подписка, давшая еще 100.135 рублей.

Памятник был торжественно заложен 29 июня 1813 года. Самую сложную проблему составляла финансовая сторона вопроса. Как выяснилось впоследствии, выполнение проекта Алферова потребовало расходов в 100315 рублей. Это были огромные деньги не только для небогатого Зилантова монастыря, но и для Казанской епархии. (Хорошая каменная церковь в эти годы обходилась не больше чем в 10000 рублей). Монахи Зилантова монастыря в течении всего времени строительства ездили для сбора средств в Санкт-Петербург, Москву, в губернские города, на Нижегородскую ярмарку. Однако, средства собирались медленно и строительство затянулось до 1823 года. К лету 1823 года строительство памятника и обустройство внутри храма было завершено. Он был освящен 30 августа 1823 года казанским архиепископом Амвросием. Храм был освящен во имя Нерукотворного образа Спасителя- изображения, бывшего на знамени царя Иоанна IV. Однако, вскоре стали обнаруживаться недочеты в проекте и расчетах и памятник стал быстро приходить в ветхость.

После смерти архимандрита Амвросия казанский губернатор обратился в Городскую Думу с просьбой принять храм на свое иждивение, т. к. он приходит в упадок, лишившись должного ухода, что и было сделано. В 1830 году храм был закрыт и начались работы по реконструкции памятника. Выбрали попечителей, купцов А.Ф. Крупеникова и П.И. Котелова. На выделенные Думой деньги памятник подвергся полной реставрации. Проект выполнил архитектор Пятницкий (строитель Казанского Императорского университета). За два года работы закончили. 2 октября 1832 г. храм-памятник освящен вновь архиепископом Филаретом. К торжеству император Николай I прислал дар - серебряные богослужебные сосуды.

Административно Храм-памятник подчинялся Зилантову монастырю только 30 лет со дня основания. Но ему трудно было заботиться о столь масштабном сооружении. Храм был передан в военное ведомство. По праздникам, кроме крестного хода, устраивался и военный парад, где всегда присутствовал губернатор, архиерей и все уважаемые казанцы. День 2 октября простой народ считал великим праздником и называл «именины Казанские».В 1830 году Казанское купеческое собрание (орган сословного самоуправления) взяло памятник на свое содержание. С этого времени появляется должность смотрителя памятника, жившего в построенном рядом деревянном доме - смотрители обязательно назначались из отставных офицеров, имевших ранения и боевые награды. Городская дума по представительству купеческого собрания стала назначать попечителя памятника - это был, как правило, состоятельный купец, несший добровольно основные расходы по содержанию памятника. После Городской реформы 1870 года памятник перешел в ведение Казанской городской управы и о нем заботились уже не купцы, а общегородские органы самоуправления, но должности попечителя и смотрителя существовали до 1917 года. Настоятель монастыря, известный ученый-философ архимандрит Гавриил Воскресенский), опубликовал самое обстоятельное описание памятника. Именно он сопровождал императора Николая I, посетившего памятник 19 августа 1836 г. и наследника престола Александра Николаевича, будущего императора Александра II, будущий Царь-Освободитель.

Службы в храме прекратились в сентябре 1918 года. Пронесла его и вакханалия 1924 г., когда ВЦИК издал указ «О увековечивании Ленина», казанские руководители - с согласия местных «историков» - решили использовать храм для этой цели, назвав его: «Памятник содружества народов». Для этого на месте креста должен быть установлен шпиль в виде минарета, со смотровой площадкой наверху, и все увенчано соломоновой звездой. У подножья «минарета» на куполе храма - жмущие друг другу руки мужики. Естественно, русский и татарин. Надпись «содружество народов» хотели сделать на месте старой: «В память победы над татарами, 1552 г.» (которой, кстати, давно уже нет, как нет и лепных атрибутов - георгиевских крестов, знаков Дома Романовых и т. д.). Господь уберег Памятник от святотатства.

В советское время власти проявляли некоторую заботу о внешнем облике памятника, ставшего одним из архитектурных символов Казани. В 1924 году его переименовали в «памятник во имя содружества народов». Был объявлен конкурс на его реконструкцию, но ни один из трех представленных проектов не удовлетворил комиссию горсовета. В 1930 году под руководством архитектора А.Г.Бикчентаева памятник «реконструировали»: был снят крест, сбиты и заштукатурены надписи, из интерьеров исчезло все, что напоминало о церкви. С тех пор радикальных изменений в судьбе памятника не было.

В декабре 2001 г., по благословению Владыки Казанского и Татарстанского Анастасия, был создан приход Нерукотворенного Образа Спасителя, возглавляет который иерей о. Феодор (Ситкин). Приход регулярно проводит богослужения у Храма и добивается возвращения Храма в лоно Русской Православной Церкви.

В соответствии с Постановлением Кабинета Министров Республики Татарстан № 8 от 17.01.2001 «О передаче памятника архитектуры республиканского значения - памятника воинам, павшим при взятии Казани в 1552 году, в коммунальную собственность города Казани» Министерство Культуры передало Департаменту текущего содержания и развития объектов внешнего благоустройства администрации г. Казани Храм по акту № 688 от 23.04.2001 г..

В ответах на письма прихода власти сообщают, что «рассмотрение вопроса о передаче храма-памятника церкви возможно только после проведения реставрационных работ».При этом, несмотря на финансирование реставрации храма согласно Федеральной программы по подготовке к празднованию 1000-летия Казани (Приложение N 2.5 к постановлению Главы администрации г.Казани от 25 июня 2001 г. N 1316), проект реставрации и сроки реставрационных работ до сих пор не утверждены и не определены. Получается очень просто – и сами ничего не делают, и приходу храм не передают. Приход считает своей заслугой то, что храм-памятник сохранен, ибо у него были все предпосылки разделить судьбу «старой Казани», снесенной по программе ликвидации ветхого жилья.

4 марта 2005 г. храм был передан Казанской Епархии Русской Православной Церкви, после окончания ремонтных работ предпоалагается его совместное использование Казанской епархией и Администрацией города Казани.