Точного года постройки храма Софийской церкви не известно. Во многих исторических документах упоминается конец 17 века. Каменная церковь на южных святых вратах Казанского Богородичного монастыря первоначально была освящена в честь св. Иоанна Богослова.

По монастырским документам она построена в 1807-1825 гг. (строительство прерывалось пожаром 1815 года) по проекту архитектора Я.М. Шелковникова на средства дворян Мусиных-Пушкиных.

Церковь планировалась как надвратная, но в 20-е годы ХIХвека была построена новая ограда и храм оказался в глубине монастыря. По мнению ученых Софийская церковь построена значительно раньше, чем датируется обычно. Вероятно, в конце XVII - начале XVIII вв. На это указывают ее архитектурные формы и декор, характерные для русского теремного стиля и барокко. В начале XIX века она, скорее всего, подвергалась лишь частичной реконструкции. Во имя мученицы Софии и дочерей ее Веры, Надежды и Любови церковь была освящена, очевидно, в память о казанской игуменье Софии (в миру - княжна Любовь Борисовна Волховская), руководившей монастырем с 1795 года до своей смерти в 1807 году. При игуменье Софии в монастыре велись большие работы, были составлены планы, по которым монастырь отстраивался позднее. В 1798 году игуменья София принимала в качестве гостей императора Павла I и князя Александра Павловича (будущего императора Александра I), присутствовавших на закладке главного монастырского собора. В советское время храм использовался как жилое помещение, однако с 1993 года был передан Казанской епархии и в настоящее время является действующим.

В Софийской церкви установлен новый резной иконостас, среди икон особо почитается новый образ св.мученицы благоверной княгини Елизаветы. Святая коверная княгиня Елизавета Федоровна - ныне одна из самых почитаемых новомучениц Российских. Она являлась принцессой Гессен -Дармштадской (до принятия православия ее звали Элла), родной сестрой императрицы Александры Федоровны и женой дяди императора -Николая II - великого князя Сергея Александровича, убитого эсеровскими террористами в 1905 году. Овдовев, Елизавета Федоровна, посвятила себя православному социальному служению - помощи бедным, убогим, больным. Основанная ею Марфо-Мариинская обитель Москве стала крупным центром медицинской и благотворительной помощи. Оставаясь в миру, Елизавета Федоровна вела монашеский образ жизни, и расходовала значительные средства на помощь православным монастырям и храмам, много ездила по России. Казанский Богородицкий монастырь она посещала дважды - в 1910 году при закладке подземного храма и в 20 июня 1913 года при его освящении. После прихода к власти большевиков Елизавета Федоровна, как и другие члены семьи Романовых, была арестована и содержалась в Перми и Алапаевске. В ночь с 17 на 18 июня 1918 года, через день после расстрела Николая II и его семьи, Елизавета Федоровна вместе с четырьмя великими князьями - Сергеем Михайловичем, Иваном, Константином и Георгием Константиновичами, князем Владимиром Палеем (морганатическим сыном великого князя) и слугой Сергея Михайловича Ремезом была зверски казнена - их живыми сбросили в шахту. По свидетельствам очевидцев из шахты еще несколько дней доносилось церковное пение. Когда белые войска занял Алапаевск, тела убитых были извлечены из шахты. Мощи Святой Благоверной княгини сейчас находятся в Иерусалиме, в храме Русской Зарубежной церкви. Почитаемая икона св. великой княгини Елизаветы содержит частицу ее мощей.