Монастырь на Зилантовой горе основан в Казани в 1552 году. Первоначально он находился около братской могилы русских воинов, павших при взятии Казани. Но это место почти каждый год в половодье заливалось водой и в 1559 году монастырь перенесли на Зилантову гору. Название горы (по татарски - Жилантау) происходит от имени легендарного дракона, якобы жившего на горе. Именно Зилант изображен на гербе Казани. Основной ансамбль монастыря сложился в XVII веке. На высокой горе, за стенами находились Успенский собор (1625), храм во имя Алексия Митрополита Московского (1720), много жилых и хозяйственных построек. Прекрасный вид на монастырь открывался как с Волги, так и из поездов железной дороги, проложенной мимо монастыря в 1890 году.
В 1640-1642 гг. в монастыре жил в ссылке суздальский епископ Иосиф (Курцевич) (ум. 1642), выходец из Украины, он был снят с кафедры и сослан по обвинению в ереси. Однако через десять лет, при патриархе Никоне, его взгляды были приняты церковью. Могила Иосифа, находившаяся в Успенском соборе не сохранилась.
В 1732-1740 гг. в монастыре находилась Казанская духовная семинария, а с 1740 года - Новокрещенская школа. Позже оба учебных заведения перешли в собственные здания. В 1829-1850 гг . настоятелем монастыря был архимандрит Гавриил (Василий Николаевич Воскресенский) (1795-1868) - ученый-философ, автор первой в России многотомной истории философии. В начале XX в. Зилантов монастырь переживал пору расцвета. В 1909 году его возглавил архимандрит Сергий (Зайцев), при котором численность братии возросла до 34 человек. В августе 1918 года Казань была занята белочехами, и на Зилантовой горе (как на господствующей) были установлены орудия (против воли монашествующих). 10 сентября 1918 года белочехи покинули Казань. В город ворвались красные войска. Десять монашествующих Зилантова монастыря во главе с архимандритом были расстреляны без суда и следствия по неясному обвинению в обстреле красногвардейцев. Некоторое время монастырь был бездействующим, но вскоре был заселен монахинями. Женская монашеская община просуществовала до начала 20-х годов, а затем была ликвидирована. Кладбище монастыря, имевшее погребения именитых граждан, уничтожено в 30-е годы.
В 1998 году разрушенный почти до основания монастырь был передан Казанской епархии. Здесь разместилась женская монашеская община. В настоящее время трудами ктитора обители Натальи Владимировны Девятых, генерального директора АКБ "Заречье", восстановлен Успенский собор, настоятельский и сестринский корпуса с домовой церковью Адриана и Наталии, построены колокольня, Троицкий собор и крестильный храм св. равноап. кн. Владимира, ведется роспись храмов.
