История Казанского Богородицкого женского монастыря неразрывно связана с обретением, прославлением и почитанием в России чудотворной Казанской иконы Божией Матери. Эта чудотворная икона является одной из наиболее почитаемых в Русской Церкви. Среди всех богородичных икон Казанский образ имеет наибольшее количество чудотворных почитаемых списков. До революции в сознании большинства русских людей название губернского города Казань ассоциировалось, прежде всего, с Казанской чудотворной иконой, хранившейся в Богородицком женском монастыре. История обретения чудотворной иконы и основания монастыря такова. В начале июля 1579 года в Казани был большой пожар. Огонь поглотил целый район, примыкавший к Кремлю с северо-востока. Сгорел двор стрелецкого сотника Данилы Онучина (церковное предание говорит о нем, как о стрельце, хотя Онучины - нижегородские дворяне, переселившиеся в Казань в 60-е годы XVI в.). Двенадцатилетней девочке Марфе, дочери сотника Онучина, трижды являлась во сне Пресвятая Богородица, повелевая идти на городское пепелище и обрести Ее образ. Девочка рассказала матери, а та сообщила о видении архиепископу Казанскому Иеремии, который благословил духовенство участвовать в поисках иконы. 8 июня 1579 года девочка Марфа обнаружила икону Богородицы на месте горевшего дома. В этот же день икона была перенесена в приходскую церковь Николы Тульского, расположенную поблизости от места обретения образа Богородицы. В обретении иконы принимал участие священник казанской Николо-Гостинодворской церкви Ермолай, позже - Казанский митрополит, а затем и Всероссийский патриарх и священномученик Гермоген, канонизированный Русской Церковью в 1913 году. Он и описал, в бытность Казанским митрополитом, сказание об обретении иконы и чудотворениях от нее.
В 1595 году было установлено особое празднование Казанской иконе Божией Матери (8 июля, в честь обретения иконы). В 1611 году митрополит Казанский Ефрем, которого призвал на борьбу с поляками заточенный в тюрьму патриарх Гермоген, направил вместе с казанским отрядом в ополчение Минина и Пожарского список с Казанской иконы Божией Матери. Перед взятием Москвы русское ополчение усиленно молилось перед чудотворной иконой, в результате освобождение Москвы от поляков было приписано заступлению Божьей Матери «ради Казанской иконы Ее». В память об этом событии было установлено второе всероссийское празднование Казанской иконе - 22 октября. Список, бывший в ополчении поместили в специально построенный на Красной площади Казанский собор. Другой чудотворный список находился в Казанском соборе Санкт-Петербурга. До революции Казань, Москва и Петербург оспаривали право считаться обладателями настоящей чудотворной иконы. В 1904 году Россию потрясло известие о краже в ночь на 29 июня чудотворной иконы из Казанского Богородицкого монастыря. Похитители вскоре были арестованы, но икона не была найдена. Версия о том, что икона сожжена или продана похитителями старообрядцам не нашла подтверждение. Следствие не дало ответа ни на один из волновавших верующих вопрос.
Однако, похищение иконы не остановило потока паломников к месту ее обретения. В 1910-1913 гг. в подземелье собора, непосредственно на месте обретения иконы был выстроен подземный храм. Более того, в Казани распространилось предание о том, что в действительности похищен был только чудотворный список, а настоящая древняя икона была сокрыта и сохранена старой игуменьей. Многие утверждают, что ныне эта сохраненная древняя Казанская икона Божией Матери находится в церкви Ярославских чудовтворцев. На месте обретения чудотворной иконы вскоре был основан монастырь, а одной из настоятельниц этого монастыря стала Марфа, принявшая монашество. Казанско-Богородицкий монастырь занимал площадь, ограниченную нынешними улицами Большой Красной, Япеева, Нагорной и уже не существующим переулком у Пятницкой церкви. К началу XX в. он представлял собой обширный архитектурный комплекс разновременных построек, значительная часть которых, к сожалению, разрушена в советское время. Снесен главный монастырский собор, построенный на месте обретения иконы в 1798-1808 гг. по проекту знаменитого столичного зодчего Ивана Егоровича Старова, утрачена шестиярусная колокольня XVII века высотой 55 метров.
Из обширного комплекса монастыря сохранился двухэтажный корпус с Крестовоздвиженской церковью, построенный в 1882-1887 гг. и Софийская надвратная церковь, которая с 1993 года передана Казанской Епархии. В глубине квартала расположены двухэтажные же Настоятельский и Никольский корпуса, полукругом охватывающие то место, где раньше стоял собор. Они построены в 1810-1843 гг. по проекту архитектора Я.М.Шелковникова. На улицу Нагорную выходит сильно перестроенная церковь Николы Тульского, возведенная в 1810-1816 гг. на месте приходского храма, в котором первоначально находилась обретенная икона.
В настоящее время полным ходом идут реставрационные работы, восстановлен интерьер и ведется роспись Крестовоздвиженского храма. Планируется восстановление Богородицкого собора. 21 июля 2005 года обитель посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II где, в торжественной обстановке, Казанской епархии был передан чудотворный "Ватиканский" список Казанской иконы Божией Матери (Акт о передаче чтимого списка Казанской иконы Пресвятой Богородицы Казанской епархии Русской Православной Церкви), установленный в Крестовоздвиженской церкви. В храме ежедневно совершаются богослужения и все верующие имеют возможность поклониться Святыне.
