Село Высокая Гора основано в 80-е годы XVI века. Первоначально оно было дворцовым, а с 1630 года принадлежало Казанскому Успенскому Зилантову монастырю.

Деревянная церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы существовала в селе уже с конца XVI века, деревянные царские врата из этой церкви были целы еще в начале XX века, в 1912 году их поместили в казанский музей церковной археологии. Инициатором строительства нового каменного храма в честь праздника Рождества Пресвятой Богородицы был священник Николай Иванович Сельский, служивший здесь с 1881 года. Основные средства пожертвовал казанский купец Степан Сергеевич Суслов, происходивший из крестьян села Высокая Гора и имевший здесь мельницу. Трехпрестольный храм был построен в 1881-1886 гг. Правый придел был освящен во имя Святителя и Чудотворца Николая, левый - во имя Святых Мучеников Флора и Лавра. Главной святыней храма являлся чудотворный список Владимирской иконы Божьей Матери.

Первоначально церковь представляла собой типичный образец византийского стиля. Однако после закрытия храма, купола были снесены, колокольня повреждена. После возвращения церкви православным верующим начались реставрационные работы, в результате которых облик храма претерпел некоторые изменения. Организация восстановительных работ в храме связана с именем иерея Иоанна Державина, настоятеля Богородице-Рождественской церкви.