Знаменская церковь берет свое начало от деревянного храма в честь иконы Божией Матери "Знамение" (Абалацкая), построенного на этом месте в XVII веке дворянином Иваном Качаловым, который происходил из города Углича. В 1593 году угличане были сосланы в Сибирь по делу о смерти царевича Димитрия, а в XVII веке часть "Углича" была переведена из Пелыма в Томск, где угличанами был основан исторический район "Заозерье". Они привезли с собой икону Божией Матери "Знамение", выполненную на черном (аспидном) камне, которая и дала название храму. Каменное здание храма было возведено в 1784-1810 годах на средства дворян Качаловых, потомков угличанина. В 1935 году церковь была закрыта. Центральный купол, колокольня и Всехсвятский придел были разрушены. В 1992 году развалины храма были возвращены Русской Православной Церкви и силами общины Свято-Троицкой церкви были восстановлены. Знаменский храм имеет два боковых придела, освященных во имя святителя Николая и преподобного Серафима Саровского. В Знаменской церкви хранится икона преподобного Серафима с частицей его святых мощей.