Покровский Суздальский женский монастырь основан в 1364 году святым благоверным князем Андреем Константиновичем.

В 1923 году монастырь закрыли. С 1933 до 1936 года в монастыре находилась лаборатория биохимического института. Здесь впервые в мире создали жидкую вакцину против туляремии.

В 1950-1960-е годы монастырские здания реставрированы, в них размещены музейные экспозиции. В 1980-е годы в монастыре разместился туристско-гостиничный комплекс с рестораном и баром. В соборе находился концертный зал.

С 1992 года монастырь передан церкви.

Собор Покрова Пресвятой Богородицы построен в 1510-1518 годах на месте старого храма на средства великого московского князя Василия III. Придельные престолы Александры Царицы, Софии Суздальской, Георгия Победоносца. В 1686 году написаны иконы для нового иконостаса собора учениками Симона Ушакова, старый пострадал от пожара.

В советские годы собор закрыт и разорен. В 1962 году храм восстановлен по проекту архитектора-реставратора И. А. Столетова.

В 1992 году собор передан церкви. 24 апреля 1994 года храм освящен. В 1997 году установлен новый иконостас, иконы для него написаны сестрами обители.

Под Покровским собором находится храм в честь преподобной Софии Суздальской освящен 20 мая 2015 года митрополитом Владимирским и Суздальским Евлогием. Храм является усыпальницей именитых пострижениц, которые подвизались в монастыре в 16-17 веках. Под спудом покоились мощи преподобной Софии Суздальской.

Церковь Анны праведной Зачатия построена в середине 16 века (по другим источникам раньше, в 1510-е годы). Придельный престол Иконы Божией Матери Смоленская. В конце 17 века при митрополите суздальском Иларионе храм расширен.

В советское время храм закрыт, сильно пострадал. После реставрации в храме открылся ресторан Трапезная.

В 2005 году Зачатьевскую церковь передали монастырю. Новый иконостас написан в Троице-Сергиевой Лавре. 29 декабря 2013 года храм освящен митрополитом Владимирским и Суздальским Евлогием.

Надвратная церковь Благовещения Пресвятой Богородицы построена в 1515 году. Придельные престолы в честь Святой Троицы и Архангела Михаила. Церковь много раз перестраивалась.

В советское время церковь закрыта, разорена. В конце 1950-х годов при комплексной реставрации архитектурных памятников Покровского монастыря церковь отреставрировали. В здании храма открылась музейная экспозиция.

В 1992 году храм возвращён церкви. 21 октября 2006 года церковь освящена.

Церковь Происхождения Честных Древ Креста Господня устроена в 1515 году великим московским князем Василием III во втором ярусе монастырской колокольни. Устройство храма связано с присоединением Смоленска к Москве 1/14 августа 1514 года. Великий князь вложил в новый храм престольную икону, которую поместили в иконостасе. Она сохранилась до нашего времени.

В советское время церковь закрыли.

Храм возвращён церкви. 20 сентября 2015 года церковь освящена.