В 1364 г. Суздальско-Нижегородский князь Андрей Константинович основал обитель в Суздале в благодарность за избавление от гибели во время бури. Место для этой обители выбрал напротив своего монастыря преподобный Евфимий, а первой настоятельницей нового женского монастыря епископ Иоанн назначил его мать. Монастырь на первых порах был небогат, но в начале XVI в. его посетил Московский вел. кн. Василий III и повелел обстроить в камне.

Монастырь стал известен в России со времени пребывания здесь преподобной Софии, в миру вел. кн. Соломонии Сабуровой, супруги Василия III. Семнадцать лет она подвизалась в монастыре; после ее кончины в 1542 г. у гробницы стали происходить многочисленные исцеления и чудеса. В Покровском монастыре постригались представительницы знатных боярских и княжеских родов: Нагих, Шуйских и др. Усыпальница монастыря хранит прах многих знатных ссыльных инокинь. Здесь захоронены Александра - дочь Ивана III, Александра - жена последнего Волоколамского кн. Феодора Борисовича, Евфимия - жена последнего русского удельного кн. Василия Шемятича, Евдокия - жена кн. Владимира Старицкого, Евдокия Сабурова - невестка Ивана Грозного, Анна Васильчикова - его жена, а также - Вяземские, Хованские, Шуйские.
Бывал в монастыре Иван Грозный, делал богатые вклады; в 1551 г. он освободил от пошлин провоз камня для строительства Зачатьевской церкви.

В начале XX в. в необщежительном Покровском монастыре были 3 храма: Покровский собор (1510-1518 гг.), Зачатьевская церковь с трапезной (1551 г.), Благовещенская церковь над Святыми вратами (1518г.). Монастырь гордился древним (1589 г.) колоколом (он цел и ныне).
В 1923 г. монастырь был закрыт и разорен. В 1950-1960-х гг. монастырские постройки реставрировались, здесь открылись музейные экспозиции. В 1980-е гг. в монастыре разместился туристско-гостиничный комплекс на 90 мест с рестораном и баром. В соборе был концертный зал.

Только в 1992 г. в древних монастырских стенах монашеская жизнь возродилась вновь. Сейчас в монастыре почти 40 сестер. Сестры выполняют молитвенное правило, ведут свое хозяйство, занимаются вышивкой икон, а также пишут иконы для иконостаса. В монастыре ежедневно совершаются церковные службы и читается Неусыпная Псалтирь.
В 1995 г. были обретены мощи преподобной Софии, которые сейчас находятся в Покровском соборе. Особые торжества в монастыре бывают на престольный праздник Покрова Божией Матери (1/14 октября) и в дни памяти преподобной Софии Суздальской - 16/29 декабря и 1/14 августа.