Монастырь находится на Пужаловой горе, на месте древнейшей Гороховецкой крепости. Когда-то здесь стоял деревянный Никольский храм. Мужской монастырь при нем возник в XVII веке; с начала века гороховецкие горожане подавали челобитные об открытии обители. Первая достоверная дата - 1643 г., когда деревянный монастырь выгорел дотла и был вновь отстроен «усердием местных обывателей». Как сообщают старые путеводители, «для руководства были привлечены опытные иноки». В конце XVII века, в период расцвета купеческого Гороховца, монастырь строит сохранившиеся доныне каменные храмы. Троице-Никольский храм (в подклете - Никольский храм, а в верхнем этаже - Троицкий) и колокольня были построены в 1681-1689 гг., церковь Иоанна Лествичника - в 1710-1716 гг.. Сохранилось интересное красное крыльцо с выразительными столбами, возведенное, вероятно, одновременно с трапезной церковью.

Монастырь был закрыт в 1920-е гг. Храмы стояли обезглавленными, разрушалась ограда, снесена была Покровская церковь над Святыми вратами (1689 г.). Часть монастырских зданий отдали под жилье. В разоренном соборе устроили склад кинопроката.

Возрожден Троице-Никольский мужской монастырь в декабре 1993 г. Монастырю переданы здания бывшей Знаменской обители за Клязьмой -там открыт скит Троице-Никольского монастыря.