По архивным документам, уже в 1365 году в Филипповском существовала церковь в честь святителя Николая Мир Ликийских Чудотворца. Вероятно к храму был пристроен придел, посвященный апостолу Филиппу.

В дозорной книге в 1628 году упоминается о деревянной церкви во имя святителя Николая.

В 1684 году построена новая деревянная церковь, просуществовавшая до 1821 года.

В 1821 году вместо деревянной церкви построена каменная. В каменном храме было устроено три престола: главный – в честь Николая Чудотворца, теплые – в честь преподобного Сергия Радонежского и митрополита Алексия Московского. Теплые приделы были выстроены позднее, вероятно, во второй половине XIX века. Точная дата их постройки неизвестна.

В советское время церковь закрыта, вероятно в 1932 году.

С 1913 года в храме служил священником Михаил Иванович Сахаров, арестован в 1932 году, обвинён в контрреволюционном заговоре. По приговору ему дали три года лагерей. Отбыв наказание, он вновь поступил на службу священником, однако в 1937 году снова был арестован и в сентябре расстрелян.

Священник Иван Федорович Веселовский арестован в 1932 году и сослан на три года на Соловки. В 1937 году также был расстрелян. Подобная участь ожидала и остальных служителей Свято-Никольского храма. Всех их обвинили в контрреволюционном заговоре. В 1932 году арестовали диакона А. Д. Аристова (3 года высылки), монахиню В. Н. Онуфриеву (3 года ссылки в Казахстан), монахиню М. П. Верещагину (3 года с запретом проживания в режимных пунктах). Монахиню А. В. Крутову арестовали позже, в 1937 году (осуждена на 10 лет лишения свободы).

В 1938 году, перед самым праздником Светлой Пасхи, Свято-Никольский храм подвергся разрушению. По воспоминаниям жителей села, бесценные иконы и церковная утварь были разграблены и растащены. В уникальном строении был открыт магазин, а позднее организован склад минеральных удобрений колхоза имени Кирова.

В 1989 году церковь возвращена верующим. 7 апреля 1990 года, в праздник Благовещения, храм вновь начал действовать.

С 1992 года трудной работой по восстановлению храма начал руководить новый настоятель: протоиерей Стахий (15 мая 2016 года преставился ко Господу). Благодаря его труду и труду старосты храма Татьяны Ивановны Борвинской дело спорилось. В настоящее время Свято-Никольский храм полностью восстановлен. На источнике устроена часовня святителя Николая и купальня. На территории Свято-Никольской церкви построен крестильный храм в честь Иоанна Предтечи.