По архивным документам в 1365 году в Филипповском существовала церковь в честь святителя Николая Мир Ликийских Чудотворца. Вероятно к храму был пристроен придел, посвященный апостолу Филиппу. В дозорной книге в 1628 году упоминается о деревянной церкви во имя святителя Николая. В 1684 году построена новая деревянная церковь, просуществовавшая до 1821 года.

Каменная церковь Иоанна Предтечи в Филипповском построена в 1821 году. Храм с тёплой трапезной (перестраивалась в конце 19 века) и колокольней. Придельные престолы в трапезной в честь преподобного Сергия Радонежского и митрополита Алексия Московского.

Вероятно в 1932 году церковь закрыли. С 1913 года в храме служил священник Михаил Иванович Сахаров, арестован в 1932 году, обвинён в контрреволюционном заговоре. По приговору ему дали три года лагерей. Отбыв наказание поступил на службу священником, в 1937 году снова арестован, в сентябре расстрелян. Священник Иван Федорович Веселовский арестован в 1932 году, сослан на три года на Соловки, в 1937 году расстрелян. В 1932 году арестованы: диакон А. Д. Аристов 3 года высылки, монахиня В. Н. Онуфриева 3 года ссылки в Казахстан, монахиня М. П. Верещагина 3 года с запретом проживания в режимных пунктах. В 1937 году арестовали монахиню А. В. Крутову, осуждена на 10 лет лишения свободы.

В 1938 году Свято-Никольский храм подвергся разрушению. Иконы и церковная утварь разграблены и растащены. В здании церкви открыт магазин, позднее устроен склад минеральных удобрений колхоза имени Кирова.

В 1989 году церковь возвращена верующим. 7 апреля 1990 года, в праздник Благовещения, храм вновь начал действовать.

В 2007-2008 годах построен крестильный храм в честь Иоанна Предтечи.

Святой источник Николая Чудотворца в советское время засыпан. В 1992 году обустроен, построена часовня.