На крутом берегу реки Нерль Юрий Долгорукий основал свою резиденцию и построил в 1152 году белокаменную церковь Бориса и Глеба. В конце XVII века своды храма обрушились, сооружено одноглавое завершение над частью старого объема. Колокольня построена во 2-й пол. XVIII века.

При церкви основан Борисоглебский мужской монастырь (Борисоглебский-Стефановский на Кидекше или Кидокоцкий мужской монастырь), точная дата основания не известна, в период с середины XII по XIV век. В 1764 году монастырь упразднили, постройки остались за приходом.

В советское время, не позже 1935 года, храм закрыли, занят музеем-заповедником.

Стефаниевская трапезная тёплая церковь упоминается в 1628 и 1701 году, год постройки не сохранился.

В 1780 году построена новая каменная церковь Стефана Архидиакона на средства прихожан. Храм зимний (отапливался) с трапезной без колокольни.

В советские годы церковь закрыли.

В 1992 году храм возвращён верующим. До 2002 года принадлежал общине РПАЦ.