История "первоначальной Благовещенской церкви", а позднее монастыря неразрывно связана с историей города Мурома. В конце XI - начале XII вв. Муром принадлежал князьям Черниговским. В 1097 г. его отдают в удел сыну Черниговского князя Святослава - Ярославу (Константину). С именем этого князя связано крещение Муромской земли. В этом богоугодном деле ему помогали сыновья Михаил и Федор. Жестокие муромские язычники, не желая принимать князя, убили его младшего сына Михаила. В последствии они раскаялись в своем злодеянии, пораженные чудесным знамением от иконы Божией Матери, привезенной князем из Мурома. В дальнейшем икона стала именоваться Муромской. Княжеский дворец поставили в Городище, укрепленном тыном и земляными валами. Рядом построили храм во имя Благовещения Богородицы. Тело убиенного князя Михаила было положено рядом с храмом. Постепенно вся княжеская семья нашла упокоение у стен этого храма.

В 1547 г. на основе местного почитания была совершена общецерковная канонизация благоверного князя Константина и чад его Михаила и Федора. Мощи находились под спудом. Мужской монастырь на месте Благовещенского храма был основан по обету Иоанном IV. В 1552 году во время похода на Казань, царь посетил Муром, горячо молился новым чудотворцам о даровании победы и обещал открыть монастырь в случае победы.

При строительстве каменного храма на месте деревянного были обретены гробницы с мощами князей, которые потом с молебным пением были торжественно поставлены в новом храме. С самого начала монастырь пользовался высочайшими милостями. Согласно грамоте царя Ивана Грозного 1558 г. монастырь получил "жалованье денежную и хлебную ругу из Муромских таможенных доходов".

Царь прислал всю необходимую утварь, дал братии "неоскудную милостыню" из царской казны, земельные владения, которые расширились в XVII веке.

В 1616 г. монастырь сильно пострадал от польско - литовской отряда пана А. Лисовского: "церковь Благовещения Пречистыя Богородицы ... каменная каплет и стены расседалися, а деревянные церкви ветхи". Поляки вывезли многие реликвии, пожалованные Иваном Грозным. Новые "государевы милостыни" помогли восстановить обитель. Собор был перестроен практически заново.

По описи 1636 г. в монастыре находились: одна каменная церковь Благовещения и три деревянных (Иоанна Богослова, Григория Богослова, надвратная Стефановская церковь), а также 14 братских келий.

В 1652 г. возведен каменный храм Иоанна Богослова. В 1660-е гг. перестроен Благовещенский собор. В описи 1678 г. упоминается о каменной Стефановской церкви.

В 1764 г. монастырь был отнесен к разряду третьего класса, под управлением архимандрита.

9 июня 1792 г. монастырь сильно пострадал от большого пожара, уничтожившего весь город. В 1797 г. в Благовещенском храме был устроен новый барочный иконостас, сохринившийся в своем первозданном виде до сего дня.

В 1811 - 1812 г. вокруг монастыря возвели каменную ограду с угловыми башнями. В 1828 г. построили каменный одноэтажный келейный корпус. В 1900 г. - каменный двухэтажный дом игумена, завершивший формирование архитектурного облика Благовещенского монастыря.

Война 1812 года соединила скорбь и радость в сердцах муромских жителей. Незадолго до сдачи Москвы Наполеону чудотворные иконы Владимирской и Иверской Божией Матери были вывезены из столицы в Муром. Иконы находились в Благовещенском монастыре до 20 октября. В память об этом событии городским духовенством ежегодно совершались Крестные ходы по городу. Список с Иверской иконы Божией Матери (конец XVII в.), хранящийся в соборе, стал особо почитаться после этих событий.

В 1866 году монастырь отнесли к разряду второго класса. Братия проживала необщежительно. В 1867-1882 годах им управляли Епископы Муромские, викарии Владимирской епархии.

К 1 января 1903 г. в обители находились: архимандрит, 7 иеромонахов, 6 иеродьяконов, 12 послушников и прислуга; всего - 29 человек.

В 1918 г. монастырь ликвидировали. Братия поселилась в городе, продолжая служить в соборе. 22 мая 1923 года произошло вскрытие мощей св. Благоверных князей Константина, Михаила и Федора, после чего они были перевезены в музей, где находились до января 1989 года. Последний настоятель монастыря схиархимандрит Михаил был арестован и сослан в конце 30-х годов. В 1940 году собор закрыли, но 30 ноября 1942 года вновь открыли, уже как приходской, единственный служащий в городе до 1990-х гг. В 1945 - 1946 годах в нем служил иеромонах Пимен - будущий Патриарх всея Руси.

В сентября 1991 г. Благовещенская церковь была преобразована в мужской монастырь.