Первое упоминание о Свято - Богоявленском мужском монастыре относится к 1628 - 1629 гг. В выписке из писцовых книг этих годов упоминается о вотчине князей Ромодановских, на территории которой и располагался монастырь.

"Погост Богоявленская слобода на реке Мстера, да на погосте церковь Богоявления Господа и Бога Спаса нашего Иисуса Христа да другая церковь Ивана Милостивого...А у церкви в церковной земле келья черного попа Лариона, келья другого черного попа Конона да келья Крылошенника Моисея, да келья другого крылошенника Арсения, да келья старца и оный двор попа Ефимия".

В описной и раздельной книге за 1710 г. в Богоявленской слободе обозначено два монастыря: "Монастырь Богоявленский, в монастыре церковь каменная во имя Богоявления Господня. Другая церковь деревянная во имя Иоанна Предтечи. Другой монастырь девичий, а в нем церковь Иоанна Милостивого...Другая церковь во имя Филиппа Митрополита..."

В доношении иеромонаха Иосафа в Суздальский архиерейский дом в 1717 г.. сказано: "В Суздальском уезде...в вотчине князя Ромодановского в Богоявленской слободе, что на Мстере два монастыря: мужеской Богоявленский монастырь,...да Ивановский девич монастырь, церковь Иоанна Милостивого деревянная и ограда деревянная..."

В начале 1930 г. после закрытия монастыря образовался музей живописи, церковной и фольклорной старины, а часовня была превращена в лавку, где продавали керосин.

24 сентября 1999 г. по благословению Высокопреосвященнейшего Евлогия Архиепископа Владимирского и Суздальского Свято - Богоявленский мужской монастырь был снова открыт. В октябре сформировалась община из четырех человек. Настоятелем был назначен игумен Илья (Иванов).

В настоящее время настоятелем обители является иеромонах Сергий (Титов). Под его руководством проходят восстановительные работы в обители, отстраивается Богоявленский собор, трапезная, производится ремонт построек на территории обители. Под руководством старшей братии послушники и трудники монастыря несут различные послушания во славу Господа нашего Иисуса Христа на благо обители и во спасение души.