К 1683 году Богоявленская церковь пришла в ветхость. В том же году князья Федор, Андрей и Михаил Ромодановские били челом Иллариону, митрополиту Суздальскому о дозволении снова выстроить каменную Богоявленскую церковь. В Храмозданной грамоте, которая была ответом на челобитную, значилось: "Церковь спостроить, во имя Богоявления Господня на старом церковном месте, алтарь сделать круглый, а чтобы на той церкве верх был не шатровый, а учинить на нем единую главу, а в церковь сделать входные трои двери и перед алтарем церковным сделать две ступени, а помост перед алтарем и во алтарь с верхнею ступенею учинить равно и во алтаре сделать трои двери царские, южные и северные".

Время освящения храма - 1687, 1688 гг., обозначены на Храмозданном кресте: "Освятиться алтарь Господа Бога и спаса нашего Иисуса Христа и водружен быть крест сей во храм Богоявления Господня лета 7196 (1688) году ноябрь в 6 день...при святейшем Кир Иоакиме Московском и всех северных стран патриархе"

В дальнейшем датой окончания строительства Богоявленского храма считается 1687 г. Храм выстроен о пяти главах. Князья Ромодановские решили устроить себе здесь усыпальницу, которая находилась в трапезе у входных западных дверей. Ранее здесь находился вход под самую церковь, где совершались поминовения.

С 1953 по 1973 г. храм использовался как склад, что нанесло памятнику большой ущерб. Кованые ворота были сняты и сданы в металлолом. В апреле 1974 подростки сорвали решетки в алтарной части, вывернули несколько плит в полу, выбили штукатурку, а вместе с ней и стенопись, сломали надгробия у гробниц.