На правом берегу р. Дон в 1665 г. по благословению Святейшего Патриарха Никона игум. Исаиею был основан мужской монастырь между гор и названный Межигорская пустынь - первый монастырь на земле донских казаков. В XVIII в. монастырь был завален горой и в 1754 г. при игум. Лаврентии перенесен в урочище при впадении р. Медведицы в Дон в 6 км от стан. Усть-Медведицкая. В 1785 г. монастырь был преобразован в женский, но через 3 года упразднен. 1 окт. 1798 г. он вновь восстановлен высочайшим повелением для призрения вдов и сирот донских казаков.

В 1890 г. монастырь украсился храмом во имя Казанской иконы Божией Матери, спроектированным академиком СПб академии художеств А. М. Горностаевым, который сохранился доныне. Воздвигнутый в это время храм Преображения Господня с приделом в честь Владимирской иконы Божией Матери был разрушен в 30-е годы советского времени.

Особенно прославилась подвигами веры и благочестия игум. Арсения. Родившаяся в богатой и знатной семье помещика М. С. Себрякова, она в юном возрасте решила удалиться в монастырь. 30 дек. 1850 г. Себряков привез 17-летнюю дочь Анну в Усть-Медведицкую обитель и через 4 года она была пострижена с именем Арсения. Юная, изящная, красивая, она вызывала в сердцах простодушных инокинь благоговейное чувство, казалась им Ангелом Божиим. Жизнь вела самую строгую, подвижническую. Она написала плащаницу и 6 больших икон. В 1863 г. по просьбе сестер мать Арсения приняла начальство над монастырем. При ней монастырь достиг своего наивысшего расцвета. В нем открылось бесплатное 4-классное женское училище. В 1905 г. игум. Арсения отошла ко Господу. После ее кончины остались многочисленные записки и поучения духовного содержания, вошедшие в книгу «Путь немечтательного делания» (Москва, 1999).

После октябрьского переворота обитель была закрыта и подверглась осквернению и разорению. Более 50 построек на территории монастыря были разрушены. В годы Великой Отечественной войны г. Серафимович (бывшая стан. Усть-Медведицкая) несколько раз переходил из рук в руки. Бои продолжили разрушение обители. После войны в обители расположилась исправительная колония, потом в единственном уцелевшем храме - иконы Казанской Божией Матери - местная электростанция.

В 1991 году обитель была возвращена Русской Православной Церкви. Началось возрождение монастыря как мужского под руководством иеромонаха Савина (Аганина). Трудами малочисленного братства были выполнены значительные работы по восстановлению монастыря.

В 2001 году Постановлением Священного Синода мужской монастырь был преобразован в женский. Указом Его Высокопреосвященства Митрополита Волгоградского и Камышинского Германа настоятельницей монастыря назначена монахиня Георгия (Боровик), духовная дочь Глинского старца схиархимандрита Виталия (Сидоренко).