История храма начинается с основания кладбища. В 1760-1770 годы полоса эпидемий долгое время опустошала Россию. Одной из причин непрекращающегося мора посчитали кладбища внутри городов, и в 1772 году указом Екатерины Великой было предписано учредить новые кладбища в удобных местах за городом.

В 1782 году землемер Неелов так охарактеризовал Богородицкое кладбище: "Находится...по течению реки Вологды, вверх по левой стороне, против старого кладбища церкви Николая Чудотворца, что на Глинках, от последней черты вала, в трехстах саженях".

Первоначально отпевания проводились в Глинковской церкви, поэтому и кладбище называли Заглинковским Николаевским. Захоронения на нем велись с 1781 года.

Первая церковь, каменная была построена не поздее 1790 года и получила название Рождества Пресвятой Богородицы, что на Глинковском кладбище. Позднее кладбище становится главным в городе. Но храм уже не удовлетворял вологжан из-за малых размеров. Строительство нового храма, здание которого стоит и поныне, началось в 1832 году, его возглавил церковный староста, мещанин Александр Иванович Попов-Тестов. Церковь была построена и освящена в 1836 году. "Зданием каменная, с таковою же колокольнею, устроенной в куполе над холодной церковью - двухэтажная, крепкая..."

В начале XX века по инициативе старосты церкви Николая Кубрякова удлинили трапезную часть храма и переделали вход на второй этаж. С этого времени церковь получила современные очертания.

После революции начинается государственная борьба с религией, которая шла по двум направлениям: разобщить верующих и закрыть храмы. Политика "разделяй и властвуй" была в полной мере использована большевиками: появилось несколько обновленческих течений, которые пытались приспособить православие к марксизму.

В 1927 году при Богородицкой кладбищенской церкви была открыта обновленческая община. Здание храма поделили: вверху - обновленцы, внизу - "староцерковники". Власти искусно натравливали верующих друг на друга. Раздельной описи ценностей составлено не было, и поэтому постоянно провоцировались имущественные споры. Местная газета того времени констатировала: "общины...предъявляют одна другой требования убираться из здания..."

Постоянное закрытие храмов в городе привело к тому, что в Богородицком нижнем храме объеденились прихожане двух десятков церквей города. Здесь служили семь священников, среди них: настоятель о.Константин Богословский из Благовещенского храма, о.Николай Замараев из церкви Андрея Первозванного, о.Михаил Подъяков из церкви Иоанна Предтечи, о.Александр Садоков из Покрово-Казанской (на Торгу). Вологжане особенно любили служение протодиакона Михаила Попова.

Во второй половине 1930-х годов власти сделали все возможное, чтобы закрыть храм; в 1937 году было закрыто для захоронений кладбище; в 1938 году закрылся верхний "обновленческий" храм, т.к. не стало прихожан: люди за обновленцами не пошли. Был открыт архив НКВД. В 1937 году в одну ночь НКВД арестовал всех вологодских священников. Избежали этой участи лишь о.Александр Беляев (его не было в ту ночь в городе) и .Николай Добряков, который страдал тромбофлебитом ног. Почти целый год, превозмогая боль, он один продолжал служить в храме. Это было настоящим подвигом! В 1939 году во время службы с ним случился приступ. Прямо из храма о.Николая увезли в больницу, где он и скончался.

Власти вновь поставили вопрос о закрытии нижнего храма, но православная община выстояла. Через три месяца найден новый священник - о.Анатолий Городецкий.

В годы войны и первые годы после нее многие вернулись к Церкви. Власти вынуждены были вновь открыть ряд храмов. Был поставлен вопрос об открытии Воскресенского кафедрального собора. Особенно остро он ставился в 1947 году, накануне 800-летия города. В эти годы лихорадачно подыскивался "хозяин" собору: вначале областной музей, затем клуб, и наконец картинная галерея. И все-таки чиновники были вынуждены пойти на компромисс: вместо Воскресенского собора они возвратили верующим верхний храм Богородицкой церкви, который и стал кафедральным собором.

18 августа 1992 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил Божественную Литургию в Рождество-Богородицком кафедральном соборе.

Настоятель: прот.Константин Васильев