История сиземской церкви тесно переплетается с историей самого села. О дате возведения самого древнего храма нам известно из писцовой книги Кирилло-Белозерского монастыря, где под 1460 годом значится "...Кириллова монастыря волость Сизьма... в погосте Козьем церковь Никола чудотворец клецки, да двор монастырский, живут в ем приказшики, да три двора...

В 19 веке на внушительные вклады сиземских купцов-торговцев строится новый каменный храм. На 18-метровой колокольной звоннице висело 13 колоколов, самый большой из них весом 110 пудов был куплен в 1892 году Дмитрием Веселовским.

С восточной стороны ограды была построена каменная часовня св. Флора и Лавра.

В конце 19 века церковь с часовней была обнесена большой каменной оградой с кружевными решетками, за которой располагалось сельское кладбище. Красивы были северные ворота ограды, выполненные в виде торжественной трехплетной арки, завершавшиеся небольшими главками с крестиками.

В 1937 году церковь была закрыта, затем в ней находился зерносклад, а с начала 60-х годов в течение 20 лет - сельский клуб.

В конце 80-х годов по инициативе жителей села Сизьма началось восстановление храма. Облик церкви постепенно восстанавливается во всей своей былой красе. Сейчас это действующая церковь.