Церковь Знамения Пресвятой Богородицы (теплая)
(1860 - 1867).

В житии преподобного Галактиона, вологодского чудотворца, основателя Свято-Духова монастыря, говорится о том, что им было предсказано нападение на Вологду польско - литовских войск в сентябре 1612года. Незадолго до "вологодского разорения" он убеждал вологжан покаяться и по примеру предков, как в дни моровых поветрий, пожаров и других общественных бедствий, на месте своей кельи единодневно выстроить храм во имя Знамения Пресвятой Богородицы, которая избавит город от нашествия и защитит его жителей. Вологжане не поверили пророчеству, и с 22 по 25 сентября 1612 года город был разграблен и многие его жители погибли. Спустя несколько лет после смерти Галактиона, преосвященный Варлаам II, архиепископ вологодский и великопермский ( управлявший с 1627 по 1645 гг.) повелел написать житие Преподобного и на месте его благочестивых подвигов построить по его завещанию деревянную церковь Знамения Пресвятой Богородицы. Год построения первоначальной деревянной Знаменской церкви в Свято-Духовом монастыре, равно как и каменной, воздвигнутой позже на ее месте, точно неизвестен.

Каменная церковь Знамения, заменившая древнюю деревянную, обгорела 13 марта 1854 года, и остатки ее были разобраны в 1860-м. На том же месте в 1860 году, при архимандрите Дионисии, была заложена, и в 1867 году освящена новая каменная церковь Знамения Пресвятой Богородицы: двухэтажная, пятиглавая, четырехпрестольная.

В верхнем этаже церкви располагался один престол - во имя Знамения Божьей Матери, храмовый праздник в честь иконы Знамения отмечался ежегодно 27 ноября. В нижнем этаже - три престола: на северной стороне - престол во имя ростовских чудот- ворцев, святителей Димитрия и Иакова; наюжной стороне - престол во имя Святого
Благоверного Князя Иоасафа Каменского; средний - престол во имя преподобного Галактиона, Вологодского чудотворца.

Освящение придельных храмов во имя Преподобного Галактиона и князя Иоасафа Каменского, а также перенесение мощей последнего из соборного храма Сошествия Святого Духа в церковь Знамения Пресвятой Богородицы состоялось 27 ноября 1867 года и было совершено Архипастырем Вологдским в соучастии избранного духовенства города, в присутствии начальника губернии.

В Галактионовом храме, на левой стороне, под аркой, покоились мощи преподобного Галактиона, основателя монастыря. Над ним была устроена деревянная, обложенная медными чеканными посеребренными листами, рака, на которой положен был образ преподобного Галактиона в серебряной позолоченной ризе с серебряным венцом. Над ракой - металлическая сень, по верхнему краю которой вычеканена надпись: "Святой преподобно-мучениче Галактионе моли Бога о нас". В том же храме справа, напротив раки преподобного Галактиона, находилась рака с останками мощей Святого Благоверного князя Иоасафа Каменского.