Монастырь основал в 1371 году преподобный Димитрий – игумен из Переяславля-Залесского, ближайший последователь и духовный друг преподобного Сергия Радонежского. Устроение монастыря происходило при поддержке благоверного великого князя Димитрия Донского, у которого преподобный Димитрий Прилуцкий был крёстным отцом одного из его сыновей. Общежительный монастырь был первым на севере Руси. В нём строго соблюдался устав. 11(24) февраля 1392 года преподобный Димитрий Прилуцкий скончался и был погребён у южной стены деревянного Спасского храма. На протяжении столетий монашеская жизнь здесь совершается по примеру святого игумена, со смирением, терпением и любовью. В XV веке стал одним из известнейших и почитаемых, а также богатейших монастырей Вологодчины.

В XVI веке основные постройки построены в камне. Стена с башнями построена в 1640-х - 1656 годах, келейные корпуса XVII-XIX веке.

В 1924 (1926-?) году монастырь закрыт и использовался под дом инвалидов. С 1930 года был размещён пересыльный пункт. Позже на территории монастыря размещались военные склады. С 1950-х годов в монастыре находился музей. реставрировался.

Летом 1990 года верующим передана надвратная Вознесенская церковь. В 1991 году открыт монастырь. 24 февраля 1992 года, в день памяти Димитрия Прилуцкого (600-летие преставления), монастырь был полностью возвращён Русской православной церкви.

-------------------------------

Спасский собор построен в 1537-1542 годах попечением игуменов Мисаила и Афанасия на месте раннего деревянного сгоревшего. В подклете устроены приделы Димитрия и Игнатия Прилуцких (в 1642 году), Сергиевский, Сретенский (с 1786 года), Богоявленский (с 1788 года) и Успения прав. Анны (с 1831 года). В папертях в XIX веке устроены приделы Александра Невского и преподобных Платона и Романа (с 1881 года Преображенский).

В 1924 году собор закрыт. Отреставрирован в 1959-1963 годах.

Возвращен верующим.

------------------------------

Введенская церковь построена в 1544-1545 годах. В трапезной Варваринский придел (с 1876 года). Перестроена в 19 веке.

В 1918 году храм закрыли. В 1920-х годах здание церкви использовали под клуб. Отреставрирована в 1955-1959 годах.

Возвращена верующим.

-------------------------------

Феодора Стратилата церковь построена над северными Святыми воротами в 1588-1590 годах. Шатровая колокольня над стеной к западу от церкви построена в 1729-1730 годах. В начале XIX века церковь выгорела. Несколько перестроена. В 1815 году переосвящена в Вознесенскую.

Вознесенская церковь в 1918 году закрыта.

Возвращена верующим.

------------------------------

Екатерининская церковь- усыпальница семьи Волоцких построена в 1830 году на монастырском кладбище. Престол освящен во имя великомученицы Екатерины и князя Владимира.

------------------------------

Трёхсвятская церковь построена в 1721 году при больничных кельях монастыря. После пожара перестроена в 1841 году. В 1846 году церковь переосвящена во Всехсвятскую.

В 1918 году закрыта.

Возвращена верующим.

------------------------------

Успенская деревянная шатровая церковь в 1962 году перевезена в Спасо-Прилуцкий монастырь. Церковь была построена в 1-й половине XVI века в Александро-Куштском мужском монастыре.

------------------------------

Трех Святителей Вселенских церковь. К звоннице середине XVI века около 1644 года пристроена новая шатровая колокольня, надстроенная в 1720-х годах. В колокольне устроены престолы Алексия, человека Божия (под новой звонницей) и Трёх Святителей Великих (под старой звонницей). Оба престола были упразднены до революции.

------------------------------

Надкладезная деревянная часовня над колодцем построена в 1990-е годы. Ранняя круглая, кирпичная часовня не сохранилась. Колодец по преданию выкопанным преподобным Димитрием Прилуцким.