Подворье Ново-Тихвинского монастыря было основано в пос. Елизавет (ныне - в черте города Екатеринбурга) еще при его первой настоятельнице игумении Таисии, в начале XIX века. В 1876 году на Елизаветинской заимке был построен каменный трехпрестольный храм. Его главный престол был освящен в честь Всемилостивого Спаса, южный - в честь Архангела Михаила, а северный - в честь великомученицы Параскевы.

В 1922 году храм был разграблен большевиками: из него была изъята драгоценная утварь. Шестнадцать лет после этого он продолжал еще действовать - но был уже просто приходским, так как монастырь большевики закрыли в 1920-х годах. В Спасский храм приходило множество верующих, в том числе и сами новотихвинские монахини и бывшая настоятельница монастыря схиигумения Магдалина (Досманова).
Вскоре произошло еще одно важное событие, важное не только для истории Спасского храма, но и для всего православного Урала, - в мае 1989 года при огромном стечении духовенства и верующих в храм были перенесены мощи великого уральского святого, праведного Симеона Верхотурского. Мощи долгое время хранились в запасниках краеведческого музея. В 1989 году одна из сотрудниц музея рассказала о местонахождении святыни владыке Мелхиседеку, управлявшему тогда Екатеринбургской епархией. Случилось это в год празднования 1000-летия крещения Руси, тогда же мощи были переданы Церкви, и состоялось их перенесение в храм Всемилостивого Спаса. День перенесения поныне празднуется как второе обретение святых мощей праведного Симеона Верхотурского. А в 1992 году мощи были возвращены в Верхотурский Свято-Николаевский монастырь. Однако на Елизавете осталась часть мощей святого.
Еще одной святыней храма являются мощи преподобного Василиска Сибирского - единственные целокупные мощи в Екатеринбурге.

Житие старца Василиска напоминает жития древних подвижников. Многие годы он провел в строгом уединении, почти все свое время посвящал молитве, удаляясь от общения с людьми, и достиг высочайшего преуспеяния. Жил он в пустынных лесах сначала Чувашии, затем Брянщины и Сибири. Свидетелем его подвигов был его ученик, сотаинник и сомолитвенник, преподобный Зосима Верховский, с которым они были всю жизнь неразлучны. Преподобный Зосима позднее составил житие старца Василиска, в котором кроме всего прочего описал его возвышенные молитвенные состояния. Преподобный Василиск Сибирский был прославлен в лике святых угодников Божиих в 2004 году.