Первое упоминание о церкви - 1780 год. До середины 18 века здесь находился Николаевский мужской монастырь. Приделы Леонтия Ростовского и Михаила Архангела.

Точная дата закрытия не сохранилась (не позже 30-х годов). Храм закрыт, колокольня сломана. До затопления местности, при наполнении в 1963-1964 годах Шекснинского водохранилища, храм больше не открывался. Село Ковжа (Новгородская губерня, Белозерский уезд) перестало существовать.