Своим названием монастырь обязан свт. Алексию, митрополиту Московскому (1300-1378 гг., память -12/25 февр.). В 1620 г. жители отразили набег литовцев и черкес. В память об избавлении от опасности они решили построить храм в честь митр. Алексия, в день памяти которого им была дарована победа. Вскоре желание выстроить Алексиевскии храм переросло в стремление учредить мужской монастырь. Алексиевскии мужской монастырь ведет отсчет своей истории с 1620 г. По месту расположения на обрывистом правом берегу реки монастырь стал именоваться Алексиевскии Акатов. Устроителем новой обители и ее первым настоятелем стал игум. Кирилл.

В 1674 г. построили каменную церковь во имя митр. Алексия. В начале XVIII в. архим. Никанор привез в Воронеж копию иконы Божией Матери «Троеручица», которая впоследствии прославилась чудесами. В 1746-1755 гг. над церковью надстроили 2-й этаж, где разместился храм во имя Владимирской иконы Божией Матери. Появился также придел во имя свв. Антония и Феодосия Печерских.

В 1764-м Алексиевский монастырь был отнесен ко 2-му классу. В 1796 г. 2-этажная церковь была разобрана почти до основания и за 2 года выстроена вновь. Святые покровители храма оставались прежними:

верхний этаж посвящался Владимирской иконе Божией Матери, нижний -свт. Алексию с приделами в честь свв. Антония и Феодосия Печерских.

В 1812 г. освятили новый храм свт. Алексия, на втором этаже храма в честь Воскресения Христова был завершен к 1819 г. Старый храм разобрали в 1879 г., сохранив колокольню 1674 г.

В первые послереволюционные годы Алексиевский монастырь не трогали. Летом 1931 г. монастырь был закрыт. Монахов вытолкали за ворота. Имущество постепенно было расхищено. Судьба знаменитого образа Божией Матери «Троеручица» неведома. Постепенно монастырь разрушался.

В 1989 г. его возвратили епархии. Сразу же там закипела работа. За два года была восстановлена 2-этажная церковь, восстановлена древняя колокольня.

4 ноября 1990 г., в день празднования в честь Казанской иконы Божией Матери, Алексиевский Акатов монастырь открылся как женская обитель.

Святыни: особо чтимая мироточивая икона Божией Матери «Живоносный Источник», мироточивая икона св. вмч. и целителя Пантелеймона, ковчежец с мощами святых и другие святыни.

Праздники: 22 апр./5 мая, пятница Светлой седмицы - иконы Божией Матери «Живоносный Источник».

К монастырю переместилась от Покровского собора резиденция главы епархии с домовой церковью во имя иконы Божией Матери «Знамение».