Рядом с Преображенской церковью - летним храмом - стоит зимняя Покровская церковь. Она построена в 1764 году, на пятьдесят лет позже Преображенской.

Многоглавие Покровской церкви уникально, и подобных ему в русском народном зодчестве нет. Его купола отличаются особой выразительностью строгих, утонченных пропорций, тонким, изысканным профилем контуров, богатством и разнообразием сомпозиционных сочетаний. Поставлены они не прямо на кровлю центрального столпа, а на небольшие восьмерики, рубленные «в лапу» и покрытые круглыми зубчатыми полицами, похожими на перистые ожерелья. Восемь малых главок венчают углы большого восьмерика, а завершает всю композицию большая глава - девятая, стоящая в центре.

Интересны и другие элементы Покровской церкви, такие, например, как традиционная в древнерусском деревянном зодчестве безгвоздевая конструкция тесовой кровли трапезной «по потокам и курицам», первозданный интерьер сеней с его неприхотливой простотой, лемеховое покрытие куполов и алтарной бочки. К слову сказать, это уцелевшее подлинное покрытие принадлежит по живописности и четкости рисунка «городка» к лучшим образцам классических покрытий памятников деревянного зодчества, дошедших до нашего времени в очень небольшом количестве.

В 70-х годах прошлого века Покровская церковь была переделана. Одна из тяжелейших утрат этого времени - замена подлинного тяблового иконостаса новым. Этот иконостас настолько не гармонировал с образом интерьера древнерусской церкви, более того - находился в таком вопиющем противоречии с традициями народного зодчества, что при реставрации всего Кижского ансамбля его пришлось разобрать и заменить тябловым. А иконы были взяты из музейной коллекции старинных икон, собранных из древних, уже несуществующих церквей Заонежья.

Шатровая колокольня построена уже в период упадка народного зодчества (1874) на месте старой, разобранной из-за ветхости. Сама по себе она интереса не представляет, но ценна тем, что приближенно воспроизводит формы старой шатровой колокольни и восполняет традиционную часть ансамбля, типичную для архитектуры всех северных погостов.

Ни одно здание ансамбля не мешает другому, не забивает и не повторяет его. Все памятники очень четко и ясно просматриваются со всех сторон по отдельности и вместе. И каждое из них тонко и ненавязчиво подчеркивает и оттеняет своеобразие других.

Купола Покровской церкви перекликаются с пышным многоглавием Преображенской, они словно подхватывают и поддерживают основную музыкальную тему этой архитектурной симфонии. Были нужны безупречный вкус и творческая дерзость, чтобы заменить традиционный шатер «букетом» из девяти глав, чтобы так удачно найти верное решение трудной задачи - что поставить рядом с фантастическим многоглавием Преображенской церкви.

Между двумя яркими по композиции храмами -лаконичный, даже суховатый силуэт колокольни. От этого разительного контраста колокольня становится еще строже и суровее, а очертания церквей - более живописными и нарядными.