Храм начал строится с зимы 1992 года, а летом этого же года был возведен нулевой цикл.

4 ноября 1993 года, в сам день Казанской иконы Божией Матери, Храм был освящен Преосвященным епископом Якутским и Вилюйским Германом.

Осеню 1999 года при Казанском храме г.Нерюнгри открылся филиал Богословского Свято-Тихоновского православного института.