По среди монастыря соборный храм Преображения Господня каменный, пятиглавый построенный в 1647 году, вместо второго уже деревянного , сгоревшего в 1639 году. Высота этого храма с главами и крестами 22 м, длина внутри 17 м, ширина 11,5 м, покрыт железом, окрашенным медянкой. Иконостас в нем 4-хярусный с позлащенной резьбой, высота его 6,6 м, ширина 12,5 м. Иконы украшены венцами, а некоторые серебряными чеканными окладами и цельными ризами. Местных икон 6 и все лучшего письма. Храмовый купол поддерживают два 4-хгранных столпа высотой 6,5 м, украшенные до половины иконостасом, в котором иконы по большей части в венцах и окладах серебряных. Купол столпы и стены украшены живописью. Иконостас и живопись поновлены в 1825 году. на правой стороне алтаря, на месте диаконика, установлен придел Благовещения Пресвятой Богородицы, украшенный со всех сторон в виде балдахина на 4-х витых колоннах, резным в просвет вызолоченным иконостасом, в котором иконы с серебряными венцами. В этом приделе в правой капитальной стене пробита в следующий за стеною придел арка, украшенная позлащенною гирляндой. Под этой аркой находится арка преподобного, над тем местом, где обретены мощи, и где теперь почивают под спудом. Половина раки, ко внутренней стороне храма, серебряная, а другая, к наружной, - аппликовая. На раке икона Угодника в рост в в серебряной 84 пробы ризе, которая в 1851 году, усердием Любимских граждан позлащена червонным золотом, а венец украшен стразами и разноцветными камнями. Длина иконы 186,74 см, ширина во главе 71,12 см, в ногах 57,85 см. по преданию, икона эта написана на той самой доске, которою покрыт был могильный гроб преподобного. Арка пробита к клиросу следующего за ней придела в честь преподобного Сергия Радонежского. Придел этот пристроен к правой стороне соборного храма в 1843 году, в память издавна пристроенного к этому же храму такого же придела еще самим преподобным Геннадием. Придел этот снаружи 13 м высотою, шириною 10 м. Он украшен богатым резным позлащенным иконостасом, в котором иконы нового греческого письма, без венцов и других украшений; стены и накатный потолок покрыты живописью.