Одной из последних кремлевских построек времени митрополита Ионы стала надвратная церковь Иоанна Богослова (1683 г.) Это, пожалуй, самое совершенное произведение ионинских мастеров. Все лучшее из опыта, накопленного за годы строительства митрополичьей резиденции, нашло блестящее воплощение в этом замечательном памятнике. Он как-бы весь устремлен вверх, что достигнуто за счет сильно вытянутых по вертикали основного объема, барабанов глав, шей крестов и мастерски скомпонованного пятиглавия. Вместе с тем церковь Иоанна Богослова выглядит более нарядной и праздничной, чем предшествовавшие ей церкви кремля. В ее облике уже отсутствует противопоставление богато оформленного низа и сурового, почти аскетического верха храма.