Сохранившиеся сведения первой половины XVII века: «...храм древян клецкий Стефана Первомученика; а в храме Божия милосердия два образа месных: Стефана Первомученика, да образ Пресвятыя Богородицы Одигитрея на празелени. На монастыре ж трапеза теплая Пятницы». В XVII веке не далеко от Стефановской церковью находился деревянный храм Сошествия Святого Духа. В начале XVIII столетия церковь Сошествия Святого Духа упразднена, находившиеся в ней иконы и утварь были перенесены в церковь архидиакона Стефана. Возможно в древности на этом месте был монастырь.

Храмозданная грамота на строительство каменной церкви Архидиакона Стефана подана 23 марта 1769 года прапорщиком Василием Никитиным сыном Ошаниным и вдовой коллежского секретаря Осипа Яковлева Матреной на имя Афанасия, епископа Ростовского и Ярославского. В неё говорится, что деревянная церковь второй половина XVII века обветшала и испрашивается разрешение на строительство новой каменной церкви.

Каменная Стефановская церковь построена в 1776 году. В храме два придела во имя трех святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста и во имя святой великомученицы Параскевы Пятницы. Храмоздателем церкви был коллежский секретарь Осип Яковлев (надпись на гробнице благотворителя и его сына, погребенных у стен этого храма). Церковь имела почитаемые иконы архидиакона Стефана и Смоленский образ Богородицы.

В 1930-е годы церковь закрыли, разрушена.

На месте где находился храм, установлен памятный крест - городским сад со стороны Пролетарской (Ярославской) улицы.