Церковь Ильи Пророка - выдающийся памятник русской художественной культуры XVII столетия, вписавший ярчайшую страницу в развитие ярославской школы архитектуры и живописи. Церковь была построена в 1647-1650 гг. на месте двух деревянных храмов на средства богатейших местных купцов братьев Вонифатия и Иоанникия Скрипиных. Возведенная первоначально на территории усадьбы храмоздателей, после реконструкции Ярославля по плану 1778 г., Ильинская церковь стала центром административной площади, одним из главных архитектурных сооружений города.

Церковь Ильи Пророка представляет собой настоящую сокровищницу древнерусского искусства, хранящую память о таланте многих лучших мастеров своего времени - зодчих, художников, кузнецов, резчиков по дереву, серебренников, изразечников. Ильинский храм по своим архитектурным формам, настенной живописи, составу икон принадлежит к наиболее выразительным и совершенным художественным ансамблям XVII столетия, он является одним из наиболее полно и хорошо сохранившихся памятников Ярославля.

В 1898 - 1904 гг. в церкви Ильи Пророка были проведены большие ремонтно-реставрационные работы на средства И.А.Вахромеева.

С 1920 г. храм открыт как музей.