Церковь Богоявления Господня построена в 1684-1693 годах на средства купца гостиной сотни Алексея Зубчанинова. Роспись 1692-1693 годов. 2 июля 1693 года храм освящен митрополитом Ростовским Иоасафом. После пожара 1753 года заменены купола, крыша покрыта железом. В 1918 году, во время белогвардейского мятежа, храм пострадал.

В 1927 году церковь закрыли. Здание храма передали музею. В 1929 году вставал вопрос о сносе церкви. В 1935 году Богоявленская церковь признана памятником архитектуры, в храме устроили гараж, автомастерскую. В 1950-е годы проведена реставрация церкви. В 1973 году в храме открылась музейная экспозиция.

В 1999 году церковь возвращена верующим. Проведена реставрация. С 2002 храм действующий.