По преданию, на месте церкви Иоанна Предтечи стоял женский Воскресенский монастырь, который был разорен поляками в 1609 году. Самое раннее документальное свидетельство о приходской церкви зажиточной Толчковской слободы содержится в грамоте ростовского митрополита Варлаама 1644 года на возведение и освящение нового храма "во имя Святого и Славного Пророка и Предтечи и Крестителя Господня Ивана" с приделом во имя Казанской иконы Богоматери. Церковь построили, она была "древяная, холодная, и зимним временем в тое церкви для стужи служить невозможно", прихожане решили строить теплый каменный храм. В 1659 году деревянная церковь сгорела.

Поставили временную церковь на время строительства нового храма. В 1665 году на средства жителей слободы был построен теплый каменный Вознесенский храм с приделом во имя иконы Казанской Богоматери. Зимняя небольшая церковь не могла заменить летнюю.

15 августа 1671 года ростовский митрополит Иона Сысоевич благословенной грамотой разрешил построить и освятить холодный храм в честь праздника Усекновения Главы Иоанна Предтечи с двумя приделами. Освящение вновь построенного храма состоялось в 1687 году. С трёх сторон паперти, в восточных концах которых помещены приделы. Первый придел во имя святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста, второй придел во имя Казанских чудотворцев Гурия и Варсонофия. В убранстве храма поражает искусство резчиков по дереву. Высокий шестиярусный иконостас сооружался на протяжении нескольких лет. Особо почиталась храмовая икона Иоанна Предтечи, к ней прибегали, ища исцеления, страдающие головной болью. В чтимые иконы Федоровской Богоматери и Страстей Господних были заключены частицы мощей святых. Здесь же находились три креста-мощевика и кипарисовый крест с Афона. Центральный храм был расписан в 1694-1695 годах артелью ярославских живописцев по главе с Дмитрием Плехановым и Федором Игнатьевым. Галерея расписывалась в 1700 году теми же мастерами. По числу стенописных сюжетов храм Иоанна Предтечи первый в христианском мире. Некоторые наиболее значимые стенописные изображения получили в XVIII веке оформление в виде чеканных серебряных венцов. Прихожане издавна почитали как чудотворный образ святой Фомаиды, к ней прибегали "с молениями о согласии и любви между супругами и об исправлении и спасении людей, предающихся страсти блудной". Как редкую святыню в храме Иоанна Предтечи берегли белый атласный антиминс, который был освящен святителем Димитрием, митрополитом Ростовским, в 1704 году.

На рубеже XVII-XVIII веков рядом с храмом была построена шестиярусная колокольня. Высота 45 метров, соразмерна высоте центральной главы храма. И церковь, и колокольня самые высокие в Ярославле.

В церкви Иоанна Предтечи священник Федор Успенский в 1879 году открыл приходское попечительство. В 1885 году открытие церковно-приходской школы для детей. Работа попечительства: организация бесплатной столовой и помощь безработным людям в трудоустройстве, создание детских яслей для работающих женщин, приюта для малолетних сирот и беспризорных детей, богадельни для убогих и престарелых, белошвейной мастерской, прачечной. В 1891 году при церкви было учреждено первое в Ярославле общество трезвости, в котором в 1902 году насчитывалось уже около трех тысяч человек из всех районов и пригородов Ярославля. Протоиерей Федор Успенский вместе с настоятелем соседней Донской церкви Константином Наумовым с 1898 года выпускали журнал "Приходская жизнь" едва ли не первое и единственное в России того времени провинциальное периодическое издание.

Реставрировала росписи, промыта живопись центрального храма и галереи, расписаны двери, ставни и наружные откосы окон, поновлен расписной «бриллиантовый» руст на алтарных абсидах, артель художников во главе с крестьянином села Матера М. И. Дикаревым в 1901-1903 годах.

Храмы Предтеченского прихода закрыты в 1929-1931 году. В январе 1933 года церковь Иоанна Предтечи передали в ведение Ярославского музея. В 1936 году завод "Победа Рабочих" включил здание храма в свою территорию, использовав его в качестве склада зерна и химических веществ. Благодаря вмешательству Главнауки варварское использование храма удалось приостановить. Теплая Вознесенская церковь снесена в начале 1950-х годов. Церковь Иоанна Предтечи ныне входит в состав Ярославского музея-заповедника. В летнее время открыта для посещения. В храме уцелели росписи и иконостас 1690-х годов.