История гласит, что уже в XIII веке в устье Ижоры, на месте Невской битвы, была построена деревянная часовня. По указу Петра I в 1711 году была заложена, а через год в его присутствии освящена церковь святого Александра Невского на месте обветшавшей предыдущей постройки.

Новопостроенная церковь сгорела в 1725 году.

Вновь церковь была построена за период с декабря 1729 по май 1730 года.

В 1797 году эта деревянная церковь с колокольней сгорела от удара молнии.

В 1798-99 годах на средства местных жителей и казенных кирпичных заводов, построена новая, каменная церковь с колокольней. Церковь была огорожена каменной оградой с чугунной решеткой. Был отлит колокол весом 269 пудов и 35 фунтов. Авторами проекта каменной церкви предположительно были В.И. и П.В. Нееловы.

В 1835-1836 году расширена к западу, построена высокая колокольня. В 1871-1875 году пристроены боковые Никольский и Предтеченский приделы.

В 1820-23 годах на средства местных жителей Усть-Ижорская церковь была отремонтирована, утеплена. Крестьянин села Иван Молочкин пожертвовал на украшение церкви 3149 рублей. В 1835-36 годах церковь св. Александра Невского была перестроена: увеличена в длину трапезная и построена новая колокольня, которая сохранилась до 1942 года. Автором постройки 1835 года назван Грошев.

В 1934 году церковь была закрыта. В начале войны в 1941 году была взорвана колокольня, в 1962 году был обрушен купол церкви.

С 1987 года, сначала энтузиастами НИИЭФА им. Д.В. Ефремова, потом трестом «Леноблреставрация» началось восстановление церкви на средства из городского бюджета, а с 1995 года церковь реставрируется на пожертвования православных христиан. Большую помощь в проведении строительных работ оказывало любительское объединение «Невская битва».

В 1991 году возвращена верующим.

В 2002-2003 годах было облагорожено пространство вокруг церкви - увеличен и укреплен берег Невы, построена гранитная набережная. В церковной ограде поставлен памятник-часовня, а напротив устья реки Ижоры - еще один памятник святому благоверному князю, защитнику Отечества, Александру Невском