Монастырь был основан в 1689 году на месте впадения р. Ии в р. Ангару. В 1764 году монастырь был положен в 3-м классе, в 1836 году возведен во 2-й класс, с 1872 года введено общежитие.

Деревянные храмы, построенные в 1693 и 1727 годах, быстро ветшали, и в 1757 году была заложена на средства иркутского купца Ивана Бичевина каменная церковь во имя Знамения Божией Матери. Первым освящен Николаевский придел в 1760 г., остальные приделы последовательно достраивались и освящались с 1762 по 1794 г. Настоятельский корпус построен в 1797 г., второй его этаж возведен в 1858 г. Монашеские кельи вдоль северной границы монастыря построены иждевением купца Н.С.Чупалова в 1818 году. Второй храм, свв. Димитрия и Трифона построен и освящен в томже 1818 г.

В монастырской ограде напротив Знаменского алтаря находился мраморный памятник над могилой Григория Ивановича Шелихова, присоединившего к России Алеутские острова, основателя первых русских поселений в т. н. Русской Америке. Здесь же покоится кн. Трубецкая с детьми.

С 1872 г. при монастыре стала действовать больница для монашествующих, а в 1889 г. открылась образцовая школа женского духовного училища. В обители также размещался странноприимный дом.

В 1926 г. монастырь был закрыт. Знаменский храм становится приходским. С 1929 г. он становится кафедральным собором г. Иркутска. С 1936 г. храм закрыт и чуть позднее в нем размещают авиаремонтные мастерские и гараж. Церкви Знаменский собор возвращен в 1945 г. и в 1948 г. вновь становится кафедральным. В 1990 г., в Знаменском соборе были обретены мощи свт. Иннокентия, еп. Иркутского.

В 1994 г. жизнь монастыря возродилась. Обитель окормляет и духовно просвещает Иркутскую женскую православную гимназию, детские дома и школы-интернаты.