Свято-Никольский храм на станции Нижнеудинск был заложен 1 мая 1907 года на месте расстрела железнодорожных рабочих в дни октябрьской забастовки 1905 года. Строился он по проекту церкви, действовавшей на станции Томск. Возводили храм на пожертвования рабочих депо при поддержке Фонда имени императора Александра III. Освящен храм в 1 февраля 1908 году во имя Святителя Николая епископа Мир Лиркийских Чудотворца, а в октябре того же года при ней открыт самостоятельный приход.

В советские годы церковь закрыли. По одним источникам закрыли постановлением президиума ВСКИК от 21 апреля 1936 года. По другим, по свидетельству известного строителя Никифора Андреевича Зверева «… 1924 апреля 12 дня видел я акт в милиции архиерея-самозванца Антона-противника православной церкви и веры. Написано донесение архиереем, что закрыть надо станционную церковь по декрету Советской власти, параграфу такому-то, служить в церкви не полагается. Он, архиерей, просит в своём прошении о закрытии церкви и подпись ихняя своеручная. Он предатель русской веры. Церковь станционная опечатана с 4 апреля службы нет. 17апреля служили ночку в молитвенном доме. 1924 год-спилена колокольня в 10 часов утра. Крест с главы снят, флаг красный поставлен. И поехала милиция разорять церковь. Милиционер и шофёр комунхоза били иконы, престол разломали и осквернили. Старики плакали не слезами, а кровью…».

В помещении церкви располагалось сначала столовая, потом библиотека, комсомольский клуб. Была перестроена внутренняя часть здания. Колокола были утрачены. Сохранился лишь один, небольшой, он висел в воротах городской пожарной части, им давали сигналы о выезде на пожар. Позднее его увезли в музей пожарного дела в Иркутске, и лишь в 1996 году, когда восстановили колокольню, уцелевший колокол занял своё место.

В 1947 году здание по просьбе верующих вернули православной общине, и с 13 декабря во вновь освященном храме возобновились богослужения.

В 1996 - 1997 годах город удалось восстановить колокольню и колокола, так как из бывших был найден только один. Остальные пришлось заказывать и отплачивать стоимость. Сделано всё это было на средства прихожан. Пытались искать спонсоров, но безуспешно.