В плане города Феодосии 1784 года указано: «Армянская церковь святого Иоанна Богослова с фресками». К сожалению, о росписях храма никаких сведений не сохранилось.

Церковь сложена в виде маленькой однонефной базилики. К ней примыкает маленький отгороженный двор. Во внутренний дворик, выложенный каменными плитами, с западной стороны выходят двери. По бокам они украшены изящной орнаментированной резьбой-плетенкой, над дверьми вырезан ряд процветших крестов.

Здание церкви небольшое, однако внутри поражает изяществом, стройностью. Алтарная абсида построена в виде ниши со стрельчатым входом. На стенах ее видны следы углублений-розеток. Вдоль всех стен идет каменная скамья. В восточной стене имеется еще одна входная дверь, а левее от нее видны остатки алтарной абсиды более древнего храма. Церковь Иоанна Богослова, по предположению историков, была построена в XIV-XV вв., в период наивысшей строительной деятельности генуэзского средневековья.