Согласно преданию, Берлюковская пустынь была основана около 1606 года иеросхимонахом Варлаамом, который пришел из разоренного поляками Успенского Стромынского монастыря и основал здесь деревянный храм во имя святителя Николая. Сюда же пришли из разоренного также Успенского Предтеченского женского монастыря две старицы Евдокия и Иулиания. До наших дней дошли местные топонимы, связанные с этими именами ближайшая деревня Авдотьино и гора Ульянина.
В Смутное время храм сожгли поляки, и Варлаам построил деревянную часовню, куда поместил икону святителя. Вскоре на месте часовни была сооружена небольшая каменная церковь.
Позже эти земли перешли сначала к кремлёвскому Чудову монастырю, а затем к Троицко-Стромынскому. Постепенно около Никольского храма сложилась небольшая община, которой в 1732-1734 годах управлял саровский иеромонах Иосия. При его приемнике строителе Сильвестре община приобрела в Москве небольшое подворье. При описи имущества 1764 года за Николо-Берлюковской пустынью числился храм с двумя престолами Живоначальной Троицы и святителя Николая, деревянная колокольня, братские кельи. К ней были приписаны три часовни в ближайших деревнях. Число братии составляло восемь человек.
В царствование Екатерины Великой, было упразднено несколько сот обителей, в их числе оказалась и Берлюковская пустынь закрытая в 1770 году. Впрочем, вскоре митрополит Московский Платон, гостивший в соседнем имении неподалёку от Берлюков, решил возобновить её. В 1777 году святитель пригласил из Стефано - Махрищенского монастыря Владимирской губернии игумена Луку, которого через два года сменил энергичный инок Иосиф из подмосковного Перервинского монастыря.
В августе 1778 года в Берлюки доставили церковную утварь из московского храма святителя Николая в Мыльниках.
Средства на возобновление Никольского монастыря в Берлюках поступали и от московской знати, чьи имения располагались в этих местах.
2 декабря 1779 года Николо-Берлюковская пустынь была утверждена как монастырь. К ней приписали две часовни, одна из которых находилась в деревне Псарьки, а другая в Москве, возле Каменного моста, где чуть позже образовалось монастырское подворье. Через год обители вернули и три часовни, принадлежавшие ей ранее, а в 1787 году передали еще одну — на Елоховской улице в Москве.
Елена Полунина.
Закрыт монастырь в 1920 году. С 1972 года занят психиатрической больницей №16 города Москвы для больных туберкулёзом.
В начале 2000-х годов часть зданий возвращена верующим. На восточной части старой территории открыт в 2007 году.
Собор Христа Спасителя построен в 1835-1848 годах усилиями архимандрита Венедикта на средства купца А.Е. Щекина. Служил летним собором монастыря. В 1930 году закрыт. Здание церкви занято складом. Возвращен верующим в 2004 году. В цоколе устроен теплый храм Михаила Архангела.
Свято-Троицкий собор построен в 1878-1884 годах на месте кирпичной церкви 1780-х годов. Служил зимним монастырским собором. Боковые приделы Никольский и мученика Мины. В 1920-х годах закрыт. В начале 2000-х годов использовался как столовая. В 2015 году передан монастырю.
Всехсвятская церковь построена в 1845-1853 годах на средства купца Ф.Ф. Набилкина на месте хлебопекарни, где 24 мая 1829 года был обретен чудотворный образ Лобзание Христа Иудой. Внешне была выделена главкой, ныне не существующей, к церкви с севера и юга примыкали настоятельские и больничные кельи. Ныне используется как один из лечебных корпусов.
Василия Кесарийского церковь над северными Святыми воротами монастыря построен в 1840 году. Закрыта в 1920-х годах. Занята администрацией психбольницы.
Деревянная Казанская церковь с трапезной и колокольней на монастырском кладбище, вне монастырской ограды, построена в 1908-1909 годах. Здание храма повторяло формы разобранной церкви 1706 году, перенесенной в пустынь в 1806 году из села Топоркова. В советские годы закрыта. В 1947 году разобрана на стройматериалы. Восстановить храм в былом великолепии и на прежнем месте уже не представляется возможным. По благословению настоятеля обители игумена Евмения (Лагутина) на кладбище построена каменная часовня во имя Казанской иконы Божией Матери. Глухая часовня-сень построена в 2010 году, архитектор А.А. Волков.
Предтеченская церковь полуподземная у пещер, выкопанных в 1840-х годах рядом с монастырём схимонахом Макарием. Построена в 1863-1865 годах на средства купца Н.В. Щенникова. В 1970-х годах обрушилась из-за оползня. При раскопках в2007 году на месте церкви найдены части её чугунного иконостаса.
