Храм изначально мыслился строителями как макет православной часовни, который должен был завершить архитектурный комплекс станции «Поречье» Забайкальской Малой железной дороги, выполненный в стиле «ретро» по образцу железнодорожных храмов столетней давности. Весь комплекс был сдан к 100-летию Забайкальской железной дороги. На торжественном открытии станции «Поречье» в августе 2000 года состоялось открытие православного храма. Читинцы и гости города были удивлены деревянным чудо-храмом, возвышающимся на берегу реки Читы.

Через месяц храм был освящен в честь святителя Николая Мирликийского. К этому времени был поставлен иконостас, закуплена церковная утварь, заказаны иконы. Также к этому времени сформировался приходской актив. Первым настоятелем храма был назначен иерей Филипп Парфенов. Первые годы существования прихода были нелегкими: храм не имел отопления (по сей день храм в суровые забайкальские зимы согревается электрическими обогревателями), воду для службы и для Крещения приходилось просить у жителей прилегающих домов, не было подсобных и административных помещений. Несмотря на трудности, община выстояла и даже сплотилась.

Летом 2002 года Свято-Никольский храм был освящен архиерейским чином. Освящение совершил епископ Читинский и Забайкальский Евстафий. К этому событию готовил храм уже нынешний настоятель — иерей Андрей Кисов. Освящение храма послужило благодатным импульсом к становлению приходской жизни. Совместными усилиями прихожан был утеплен храм, благоустроена территория, начато возведение административно-хозяйственного корпуса.